More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00348 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  100 
 
 		 128 aa  261  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  56.2 
 
 		 129 aa  148  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  56.78 
 
 		 138 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  55.46 
 
 		 124 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  52.5 
 
 		 124 aa  137  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  52 
 
 		 126 aa  138  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  49.61 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  50.83 
 
 		 124 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  50 
 
 		 124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  54.55 
 
 		 126 aa  132  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  48.76 
 
 		 124 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_003296  RS02979  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  54.7 
 
 		 129 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.811632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  57.55 
 
 		 145 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  48.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  49.18 
 
 		 122 aa  121  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  49.15 
 
 		 131 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  44.7 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  47.58 
 
 		 149 aa  113  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  43.55 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  43.28 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  43.31 
 
 		 135 aa  110  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  43.65 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  50 
 
 		 124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  46.34 
 
 		 184 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  48.08 
 
 		 130 aa  108  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  37.59 
 
 		 153 aa  103  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  37.84 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  44.09 
 
 		 135 aa  96.3  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1776  pilin domain-containing protein  40.5 
 
 		 121 aa  93.2  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4795  putative general (Type II) secretion pathway protein  37.68 
 
 		 223 aa  89.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.954024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  32.1 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  32.28 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  31.82 
 
 		 172 aa  67  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  33.33 
 
 		 140 aa  67  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2612  general secretion pathway protein G  41.67 
 
 		 153 aa  66.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.688921 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2310  putative GSPG-related transmembrane protein  33.56 
 
 		 155 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.164905  normal  0.125662 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  32.89 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1988  hypothetical protein  31.37 
 
 		 157 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0923651  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  30.92 
 
 		 160 aa  63.5  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00349  putative general secretion pathway GSPG-related transmembrane protein  31.13 
 
 		 158 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3221  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  32.03 
 
 		 161 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  32.89 
 
 		 163 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  33.77 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.55 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1090  general secretion pathway protein G  30.56 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319049  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1046  general secretion pathway protein G  30.56 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1343  general secretion pathway protein G  34.92 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.657967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  34.65 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3312  general secretion pathway protein G  29.79 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1049  general secretion pathway protein G  30.5 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  32.24 
 
 		 158 aa  60.1  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  33.66 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  43.08 
 
 		 153 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1432  type II secretion systen protein G  31.88 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  43.08 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2590  general secretion pathway protein G  30.77 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  41.79 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1280  general secretion pathway protein G  33.33 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4177  general secretion pathway protein G  29.17 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  45 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1024  hypothetical protein  34.33 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00346  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  35.37 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.887338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2414  general secretion pathway protein G  31.25 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4713  general secretion pathway protein G  34.07 
 
 		 166 aa  57.4  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1116  general secretion pathway protein G  37.35 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  26.57 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0206  DNA transport machinery (exogenous DNA-binding protein)  36 
 
 		 98 aa  57  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1507  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.35 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000010883  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  39.71 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.71 
 
 		 155 aa  57  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  31.85 
 
 		 144 aa  57  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  30 
 
 		 144 aa  57  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  32.95 
 
 		 133 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  34.41 
 
 		 145 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  37.33 
 
 		 169 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24020  general secretion pathway protein G  35.71 
 
 		 148 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  26.88 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  40.35 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  29.79 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  29.79 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3030  general secretion pathway protein G  32.82 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187173  hitchhiker  0.00937307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2032  general secretion pathway protein G  35.71 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0257  general secretion pathway protein G  30.08 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  29.03 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.76 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  31.31 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3248  hypothetical protein  36.84 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1415  general secretion pathway protein G  30.15 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1351  general secretion pathway protein G  33.68 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346821  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0006  general secretion pathway protein G  29.2 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0815216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3074  general secretion pathway protein G  32.99 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016497 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  30.43 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1413  general secretion pathway protein G  32.03 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288958  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  37.88 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0253  general secretion pathway protein G  34.19 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  28.39 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3384  general secretion pathway protein G  28.17 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0534  hypothetical protein  27.48 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>