More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2244 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 372 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  77.42 
 
 		 422 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  77.15 
 
 		 378 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  75.34 
 
 		 372 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  77.48 
 
 		 378 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  74.45 
 
 		 372 aa  514  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  73.32 
 
 		 372 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  57.22 
 
 		 383 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  58.04 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  55.16 
 
 		 383 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  57.77 
 
 		 380 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  53.4 
 
 		 397 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  52.64 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  60.05 
 
 		 378 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  53.81 
 
 		 393 aa  358  7e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  53.81 
 
 		 388 aa  357  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  55.44 
 
 		 391 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  54.32 
 
 		 403 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  53.66 
 
 		 393 aa  355  5.999999999999999e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  56.56 
 
 		 378 aa  351  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  51.38 
 
 		 397 aa  348  7e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  54.99 
 
 		 391 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 372 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  47.14 
 
 		 396 aa  327  3e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  52.04 
 
 		 374 aa  319  5e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 		 429 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  51.77 
 
 		 366 aa  304  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  46.75 
 
 		 422 aa  301  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  47.93 
 
 		 360 aa  276  5e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  52.57 
 
 		 592 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  47.76 
 
 		 387 aa  269  7e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  49.47 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  43.5 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  45.94 
 
 		 379 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  47.2 
 
 		 369 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  43.41 
 
 		 382 aa  250  4e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.5 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  45.71 
 
 		 402 aa  247  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  49.05 
 
 		 372 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  38.15 
 
 		 375 aa  246  6e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  47.28 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  39.02 
 
 		 362 aa  222  8e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  44.12 
 
 		 395 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.56 
 
 		 378 aa  219  7e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  41.41 
 
 		 418 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  40.6 
 
 		 389 aa  209  8e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  40.44 
 
 		 364 aa  209  9e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  42.16 
 
 		 388 aa  208  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.36 
 
 		 366 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  40.44 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40.44 
 
 		 377 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  40.61 
 
 		 365 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  40.66 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  37.5 
 
 		 377 aa  204  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40.88 
 
 		 365 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  39.24 
 
 		 384 aa  202  8e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  42.42 
 
 		 394 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  43 
 
 		 425 aa  199  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  39.24 
 
 		 389 aa  199  6e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.02 
 
 		 366 aa  199  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  38.01 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  41.71 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  37.2 
 
 		 368 aa  197  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  39.84 
 
 		 379 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.33 
 
 		 365 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  38.68 
 
 		 394 aa  196  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.33 
 
 		 365 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  47.78 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.7 
 
 		 401 aa  194  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  38.53 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  38.7 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  35.15 
 
 		 399 aa  193  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  37.91 
 
 		 408 aa  193  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  33.42 
 
 		 409 aa  192  7e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  39.06 
 
 		 368 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  41.41 
 
 		 372 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  42.95 
 
 		 366 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  45.32 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  38.87 
 
 		 359 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  39.45 
 
 		 386 aa  190  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  40.44 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  38.65 
 
 		 368 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.03 
 
 		 356 aa  189  7e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 338 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 338 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  39.89 
 
 		 361 aa  189  9e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 338 aa  189  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  36.74 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  35.79 
 
 		 370 aa  188  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  41.43 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  38.95 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  52.97 
 
 		 373 aa  187  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.6 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  43.51 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  39.46 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  40.97 
 
 		 402 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  37.2 
 
 		 395 aa  185  9e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  38.02 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>