82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3152 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 272 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  87.13 
 
 		 272 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  35.43 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 282 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  36.95 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  37.16 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  35.61 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  37.22 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 280 aa  132  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  35.04 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  36.4 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 275 aa  129  7.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 313 aa  128  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 273 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  34 
 
 		 278 aa  125  8.000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 273 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 272 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 272 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  34.39 
 
 		 262 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 273 aa  119  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  34.24 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  37.19 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 264 aa  117  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 254 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 265 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  32.36 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  38.56 
 
 		 241 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  30.42 
 
 		 285 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 305 aa  108  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  32.28 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 263 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  33.2 
 
 		 284 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 288 aa  98.6  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  35.86 
 
 		 271 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  32.36 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 314 aa  52.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 223 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 345 aa  46.6  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  25.1 
 
 		 287 aa  46.2  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 137 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 259 aa  43.9  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 292 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 101 aa  42.7  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 197 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  26.44 
 
 		 300 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0162  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 77 aa  42.4  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 190 aa  42.4  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 145 aa  42  0.01  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>