78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2997 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 318 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  92.83 
 
 		 297 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  55.99 
 
 		 296 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 294 aa  272  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  39.07 
 
 		 285 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  39.16 
 
 		 283 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 285 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  40.07 
 
 		 264 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 276 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  37.79 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  37.55 
 
 		 273 aa  159  7e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  40.52 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  37.98 
 
 		 274 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 282 aa  153  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 284 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  39.08 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 282 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  38.93 
 
 		 278 aa  149  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 267 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 273 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  35.25 
 
 		 269 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 244 aa  139  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 264 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 270 aa  135  8e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 273 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 263 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 265 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  34.8 
 
 		 284 aa  126  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  35.6 
 
 		 273 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  40.96 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 272 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 280 aa  99.8  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 271 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 345 aa  70.9  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3066  hypothetical protein  76.19 
 
 		 49 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.220908 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 241 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2269  helix-turn-helix domain-containing protein  57.5 
 
 		 48 aa  49.7  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.193733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7511  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 137 aa  45.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 113 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 84 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.94 
 
 		 315 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.56 
 
 		 317 aa  43.5  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 84 aa  42.7  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>