159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4636 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  80.9 
 
 
302 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  66.91 
 
 
281 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  60.22 
 
 
283 aa  341  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  60.75 
 
 
276 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  41.11 
 
 
296 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  39.31 
 
 
294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  39.3 
 
 
274 aa  179  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  39.35 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 
297 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  39.54 
 
 
267 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  40.39 
 
 
277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  35.98 
 
 
270 aa  167  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 
273 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 
262 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
282 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 
271 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  34.8 
 
 
268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
310 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  37.94 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  37.94 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 
264 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 
282 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  37.34 
 
 
267 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 
288 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  36.6 
 
 
288 aa  159  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 
282 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  35.51 
 
 
282 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  35.51 
 
 
282 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 
284 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 
271 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  35.98 
 
 
282 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  35.66 
 
 
315 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 
267 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  36.82 
 
 
269 aa  156  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 
282 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  36.29 
 
 
272 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  36.29 
 
 
272 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  36.06 
 
 
285 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 
273 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  36.98 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  32.83 
 
 
306 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  35.91 
 
 
273 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 
275 aa  149  7e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  36.58 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  34.14 
 
 
273 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 
244 aa  144  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 
264 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  33.07 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  36.06 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 
313 aa  138  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 
273 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 
254 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 
263 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  37.15 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 
284 aa  128  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  39.38 
 
 
241 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  33.57 
 
 
280 aa  122  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 
281 aa  122  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  32.09 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  30.42 
 
 
271 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  30.23 
 
 
272 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  34.32 
 
 
265 aa  112  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  29.92 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 
271 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 
241 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 
345 aa  62  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 
269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  29.95 
 
 
270 aa  57.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 
270 aa  57.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  27.44 
 
 
270 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  28.93 
 
 
285 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 
278 aa  55.8  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  27.44 
 
 
270 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  30.72 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  26.29 
 
 
278 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  31.13 
 
 
295 aa  53.1  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  30 
 
 
291 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  27.5 
 
 
280 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
269 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
269 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
269 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 
284 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  26.6 
 
 
265 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  29.8 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  30.73 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  29.8 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  29.8 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  29.8 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  27.32 
 
 
257 aa  50.1  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0530  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
264 aa  49.3  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0566101  hitchhiker  0.0000527807 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  28.64 
 
 
307 aa  49.7  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 
299 aa  49.3  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  32.4 
 
 
257 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  29.29 
 
 
271 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  30.61 
 
 
282 aa  48.9  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
284 aa  48.9  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  29.29 
 
 
271 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>