84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2653 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  98.16 
 
 		 272 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 271 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  41.9 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  38.15 
 
 		 264 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  39.31 
 
 		 274 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 282 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  39.84 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  36.03 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  35.98 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  33.86 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 273 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 281 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 262 aa  126  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 273 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 280 aa  126  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  35.02 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 264 aa  122  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  37.13 
 
 		 273 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 296 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 265 aa  109  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  33.21 
 
 		 281 aa  108  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  33.99 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  36.02 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  34.9 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 314 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 223 aa  48.9  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  29.63 
 
 		 300 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  27.61 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 85 aa  46.6  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  28.97 
 
 		 259 aa  46.6  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0932  Tn916, transcriptional regulator, putative  45 
 
 		 401 aa  46.2  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 101 aa  46.2  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 345 aa  45.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 60 aa  44.3  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 107 aa  43.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1826  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 88 aa  42.7  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 112 aa  42.7  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  33.33 
 
 		 491 aa  42.7  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 115 aa  42  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>