93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1438 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  69.29 
 
 		 285 aa  349  3e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 267 aa  342  4e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  62.88 
 
 		 264 aa  338  9e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 310 aa  332  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 315 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  64.82 
 
 		 288 aa  329  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 282 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  59.78 
 
 		 282 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 282 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 282 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 282 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 282 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  63.91 
 
 		 271 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 282 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  63.91 
 
 		 271 aa  318  5e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  62.23 
 
 		 273 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  63.53 
 
 		 271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  61.37 
 
 		 273 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  57.31 
 
 		 261 aa  299  4e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 268 aa  299  4e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  61.09 
 
 		 273 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 264 aa  287  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  62.04 
 
 		 264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  56.77 
 
 		 274 aa  281  7.000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 272 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 272 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 271 aa  278  6e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  58.7 
 
 		 275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 273 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 		 262 aa  269  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 267 aa  268  8e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  55.43 
 
 		 269 aa  263  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 267 aa  253  3e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  51.82 
 
 		 273 aa  248  9e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 270 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  49.43 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 244 aa  228  8e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  47.04 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 281 aa  215  8e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  50.43 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 265 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  43.8 
 
 		 270 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 287 aa  202  6e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  44.72 
 
 		 278 aa  198  9e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  46.72 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 254 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 		 271 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 283 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  37.83 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 281 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 272 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 309 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.79 
 
 		 316 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  32.39 
 
 		 493 aa  46.6  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 131 aa  46.6  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5476  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 761 aa  46.2  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2269  helix-turn-helix domain-containing protein  51.28 
 
 		 48 aa  45.8  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.193733  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  29.58 
 
 		 491 aa  45.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  36.21 
 
 		 149 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 145 aa  45.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0721  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 96 aa  43.9  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 106 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 915 aa  43.5  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 119 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 79 aa  43.5  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  51.02 
 
 		 377 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  38.98 
 
 		 75 aa  42.7  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2056  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 236 aa  42.7  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  39.24 
 
 		 101 aa  42.7  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 284 aa  42.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  34.17 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21690  hypothetical protein  26.37 
 
 		 144 aa  42  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00102012  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  34.48 
 
 		 149 aa  42.4  0.01  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  38 
 
 		 91 aa  42  0.01  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>