73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1100 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  47.52 
 
 		 275 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 271 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 273 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 284 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  43.43 
 
 		 264 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  43.41 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 268 aa  176  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 272 aa  174  8e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 272 aa  174  8e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  43.63 
 
 		 288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  43.85 
 
 		 271 aa  169  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 306 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 282 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 282 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 310 aa  168  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 282 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  46.31 
 
 		 273 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  40.89 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  41.41 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 264 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  41.84 
 
 		 273 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  38.62 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  43.7 
 
 		 273 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  38.32 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 263 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  35.77 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  37.96 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 276 aa  141  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  38.21 
 
 		 288 aa  135  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  36.19 
 
 		 270 aa  132  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  35.39 
 
 		 281 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 272 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  35.39 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  32.55 
 
 		 271 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 345 aa  65.9  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0023  XRE family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 301 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 223 aa  45.4  0.0009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  27.88 
 
 		 294 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>