80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2339 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  601  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  67.53 
 
 		 241 aa  282  5.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  57.66 
 
 		 284 aa  269  5e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  58.94 
 
 		 265 aa  262  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  56.92 
 
 		 281 aa  261  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  50.97 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  50.97 
 
 		 274 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  53.22 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 261 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 268 aa  217  2e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  49.39 
 
 		 264 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 267 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 272 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 272 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  48.36 
 
 		 284 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  48.59 
 
 		 288 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  45.08 
 
 		 262 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 273 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 		 271 aa  202  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 285 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 282 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  46.54 
 
 		 282 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 273 aa  202  7e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 267 aa  201  9e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 271 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 264 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 273 aa  192  4e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  43.6 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  44.58 
 
 		 269 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  45.73 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 271 aa  185  9e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  44.81 
 
 		 271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 267 aa  182  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 244 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  42.32 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  42.48 
 
 		 265 aa  155  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  37.28 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  35.89 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 281 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  41.25 
 
 		 271 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  35.69 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  34.93 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 272 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  34.56 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 64 aa  47  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 85 aa  46.2  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  36 
 
 		 91 aa  44.3  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  32.79 
 
 		 288 aa  43.5  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2079  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 186 aa  43.5  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0185194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2363  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 117 aa  43.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  29.73 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0208  XRE family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 277 aa  42.7  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.138367 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  34.29 
 
 		 282 aa  42.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1374  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 71 aa  42.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.111041  normal  0.717323 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 117 aa  42.4  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>