69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0104 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  486  1e-136  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  46.7 
 
 
264 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  38.94 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 
282 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 
282 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 
282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 
282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  41.99 
 
 
271 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  43.01 
 
 
288 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 
282 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 
272 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 
272 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  40.41 
 
 
282 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  42.08 
 
 
264 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  43.2 
 
 
270 aa  148  8e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  39.9 
 
 
282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 
273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  41.4 
 
 
315 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 
273 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  43.3 
 
 
273 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  42.44 
 
 
244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
310 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 
274 aa  145  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
306 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  40.44 
 
 
273 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  39.17 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  41.49 
 
 
267 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
275 aa  138  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 
271 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  37.44 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  38.92 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 
269 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  41.14 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 
267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
271 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  39.29 
 
 
273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  37.37 
 
 
287 aa  127  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  45.91 
 
 
265 aa  126  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 
241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 
265 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 
288 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  34.1 
 
 
278 aa  99.4  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  31.91 
 
 
270 aa  99  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 
271 aa  99  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
305 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 
288 aa  96.3  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 
281 aa  92.8  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  29.11 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  29.25 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  28.27 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 
302 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 
263 aa  62.8  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 
281 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 
285 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  26.2 
 
 
318 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
254 aa  56.2  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  26.46 
 
 
297 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  25.48 
 
 
280 aa  53.1  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2269  helix-turn-helix domain-containing protein  52.94 
 
 
48 aa  42.7  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.193733  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>