78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4390 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 273 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  88.28 
 
 		 273 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  82.78 
 
 		 273 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  73.46 
 
 		 271 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  62.21 
 
 		 284 aa  312  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  61.02 
 
 		 264 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 310 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  58.06 
 
 		 288 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 285 aa  294  8e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 268 aa  293  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 282 aa  291  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 282 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 282 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 282 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 282 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  59.23 
 
 		 282 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  57.61 
 
 		 282 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  59.77 
 
 		 267 aa  280  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  56.98 
 
 		 274 aa  280  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  52.63 
 
 		 271 aa  279  3e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  59.41 
 
 		 275 aa  278  9e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 267 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  60.16 
 
 		 271 aa  277  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 264 aa  276  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 272 aa  275  4e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 272 aa  275  4e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  59.76 
 
 		 271 aa  275  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  56.03 
 
 		 264 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 273 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 267 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 261 aa  264  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  58.23 
 
 		 273 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  53.08 
 
 		 269 aa  259  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 262 aa  244  9e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  51.35 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 313 aa  234  9e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 278 aa  226  4e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 270 aa  224  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 244 aa  215  8e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  45.82 
 
 		 270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  52.59 
 
 		 265 aa  212  4.9999999999999996e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 265 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  44.75 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  50.63 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  44.63 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  44.06 
 
 		 281 aa  193  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  43.25 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  39.69 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 294 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  35.07 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 272 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.03 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 101 aa  47  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  41.07 
 
 		 75 aa  45.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 182 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 84 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  44.3  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 220 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  36.21 
 
 		 175 aa  43.5  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0685  TPR repeat-containing protein  21.47 
 
 		 436 aa  43.5  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>