88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4426 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 273 aa  538  9.999999999999999e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 267 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  61.63 
 
 		 271 aa  314  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  60.31 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 282 aa  277  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 282 aa  276  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  53.15 
 
 		 262 aa  272  3e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 282 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 282 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 310 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 268 aa  271  8.000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 282 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 282 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  54.09 
 
 		 288 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 282 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 261 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  55.04 
 
 		 264 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 271 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 315 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  56.1 
 
 		 275 aa  262  4e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  54.55 
 
 		 273 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 272 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 272 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  53.46 
 
 		 285 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 313 aa  260  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  58.23 
 
 		 273 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  52.96 
 
 		 284 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  50.73 
 
 		 306 aa  255  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 267 aa  254  8e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 273 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 264 aa  250  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  53.82 
 
 		 269 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 270 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  52.28 
 
 		 264 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  50.2 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  50.58 
 
 		 271 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  49.6 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 271 aa  240  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 267 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  47.13 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 265 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  45.95 
 
 		 270 aa  209  3e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  44.96 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  50.21 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  45.71 
 
 		 284 aa  198  7.999999999999999e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  47.93 
 
 		 265 aa  193  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  44.84 
 
 		 281 aa  193  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  44.62 
 
 		 296 aa  188  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 254 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  37.96 
 
 		 318 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  37.87 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 271 aa  158  8e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 281 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 241 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 280 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 345 aa  67  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2269  helix-turn-helix domain-containing protein  63.41 
 
 		 48 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.193733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  37.25 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0779  hypothetical protein  32.8 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.432044  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  32.79 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 280 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 85 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 915 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  42 
 
 		 91 aa  44.7  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21690  hypothetical protein  42.11 
 
 		 144 aa  44.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00102012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 148 aa  43.9  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  43.9  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  31.79 
 
 		 300 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 281 aa  43.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 279 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6164  hypothetical protein  42.59 
 
 		 132 aa  42.4  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456474  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  31.06 
 
 		 277 aa  42.4  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  33.03 
 
 		 280 aa  42.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>