131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2125 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 91 aa  183  6e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 91 aa  156  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  74.44 
 
 		 91 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  73.33 
 
 		 91 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  64.44 
 
 		 91 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  56.18 
 
 		 97 aa  102  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 97 aa  102  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  49.41 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 100 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  43.68 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  43.24 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 503 aa  54.7  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  38.16 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  40.54 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  33.73 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  31.58 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  31.58 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  46.25 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 123 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 513 aa  51.2  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 513 aa  50.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  39.06 
 
 		 517 aa  50.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 108 aa  50.1  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  40.26 
 
 		 94 aa  50.1  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.4 
 
 		 509 aa  49.3  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  41.51 
 
 		 516 aa  48.9  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 		 263 aa  48.9  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 264 aa  47.8  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  42.11 
 
 		 508 aa  47.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 264 aa  47.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 205 aa  47.4  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 136 aa  47.4  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 93 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  33.68 
 
 		 105 aa  47.4  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12438  transcriptional regulator, XRE family protein  40 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0697698  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4070  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 109 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00101139  hitchhiker  0.00129674 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 737 aa  46.2  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 115 aa  46.2  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  39.62 
 
 		 507 aa  46.2  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  28.89 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  28.89 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 80 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 98 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 108 aa  44.7  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  36.78 
 
 		 108 aa  44.7  0.0005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1380  transcription regulator  25.97 
 
 		 100 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  40.38 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1022  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  32.29 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.93 
 
 		 507 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  39.29 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1896  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 512 aa  42.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 100 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 100 aa  41.6  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  38.98 
 
 		 363 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  38.98 
 
 		 345 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  38.98 
 
 		 368 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>