163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1371 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
433 aa  877    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.57 
 
 
433 aa  705    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  36.27 
 
 
459 aa  276  5e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.21 
 
 
441 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  34.15 
 
 
445 aa  252  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.89 
 
 
450 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  34.81 
 
 
494 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  34.58 
 
 
497 aa  230  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.75 
 
 
446 aa  230  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.39 
 
 
451 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.91 
 
 
450 aa  223  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  34.73 
 
 
508 aa  222  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  35.56 
 
 
451 aa  220  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.05 
 
 
496 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  33.72 
 
 
480 aa  216  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.05 
 
 
490 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  32.93 
 
 
445 aa  216  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.18 
 
 
480 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.12 
 
 
459 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  32.27 
 
 
446 aa  215  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  33.18 
 
 
520 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.18 
 
 
480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  33.64 
 
 
723 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.99 
 
 
475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.81 
 
 
445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.51 
 
 
446 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.56 
 
 
445 aa  212  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  33.18 
 
 
479 aa  210  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  33.18 
 
 
479 aa  210  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  33.18 
 
 
505 aa  210  5e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  33.18 
 
 
499 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  33.18 
 
 
505 aa  210  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.89 
 
 
456 aa  210  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  33.18 
 
 
499 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.45 
 
 
445 aa  209  9e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.52 
 
 
447 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  31.74 
 
 
451 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  32.38 
 
 
451 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.28 
 
 
456 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  32.55 
 
 
460 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  30.52 
 
 
444 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
470 aa  188  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.74 
 
 
457 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.4 
 
 
459 aa  183  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.75 
 
 
464 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.87 
 
 
318 aa  100  4e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 
446 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.7 
 
 
325 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.38 
 
 
322 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.72 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.89 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.68 
 
 
454 aa  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.78 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.07 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.27 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  26.07 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  27.39 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.39 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  26.33 
 
 
324 aa  73.2  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.17 
 
 
327 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.9 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.48 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.94 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  26.4 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.44 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.58 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.08 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.5 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.52 
 
 
328 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  25.41 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.57 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.47 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.83 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.83 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.75 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.27 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 
324 aa  66.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  25 
 
 
313 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  25.57 
 
 
316 aa  65.5  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  25.32 
 
 
312 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.81 
 
 
333 aa  63.9  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.79 
 
 
316 aa  63.2  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.45 
 
 
318 aa  63.2  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  23.57 
 
 
319 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  23.97 
 
 
310 aa  62.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.97 
 
 
330 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.23 
 
 
349 aa  62  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  23.83 
 
 
319 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.59 
 
 
306 aa  61.6  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  25.5 
 
 
315 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 
345 aa  60.5  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  23.59 
 
 
310 aa  60.5  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.26 
 
 
651 aa  60.1  0.00000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.93 
 
 
350 aa  59.7  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.24 
 
 
335 aa  59.7  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.54 
 
 
329 aa  59.7  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.41 
 
 
337 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.43 
 
 
348 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.62 
 
 
323 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>