More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0168 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0168  response regulator receiver protein  100 
 
 		 135 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  43.44 
 
 		 538 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  43.55 
 
 		 538 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.73 
 
 		 689 aa  96.3  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  39.84 
 
 		 939 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.31 
 
 		 922 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  41.46 
 
 		 558 aa  95.1  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  40.48 
 
 		 1065 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  41.18 
 
 		 559 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 		 762 aa  92.8  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 941 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.34 
 
 		 845 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  41.18 
 
 		 676 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 		 688 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.28 
 
 		 686 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 		 827 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2444  response regulator receiver  43.33 
 
 		 123 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.986911  decreased coverage  0.00021442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 		 754 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  41.67 
 
 		 691 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  40.32 
 
 		 1086 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 		 1165 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 		 1092 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 		 688 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2001  response regulator receiver protein  54.32 
 
 		 116 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.002906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  40.34 
 
 		 556 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  38.52 
 
 		 538 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 		 728 aa  87.4  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  40.34 
 
 		 676 aa  87  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 		 1065 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 		 688 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 		 691 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2645  response regulator receiver domain-containing protein  50.56 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 		 1086 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 708 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 		 943 aa  85.9  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2711  response regulator  52.33 
 
 		 119 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0615637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 		 812 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2141  response regulator receiver protein  53.09 
 
 		 116 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217748  hitchhiker  0.000119554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 814 aa  84  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 		 691 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  40.65 
 
 		 847 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 1215 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 1089 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 858 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 999 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3762  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 116 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  42.4 
 
 		 695 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  38.21 
 
 		 646 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 695 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2105  response regulator receiver protein  41.6 
 
 		 116 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 864 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  37.4 
 
 		 646 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 		 647 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 943 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 492 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 830 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 957 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  36.64 
 
 		 827 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 916 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  40.5 
 
 		 695 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  36.07 
 
 		 127 aa  80.1  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 977 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 772 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 966 aa  79  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.33 
 
 		 949 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  39.17 
 
 		 571 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 689 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 949 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 889 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 810 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  35.83 
 
 		 573 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 		 1022 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 1103 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  42.55 
 
 		 416 aa  78.6  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.98 
 
 		 845 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  38.33 
 
 		 1092 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 762 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1381 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 853 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 998 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.8 
 
 		 1036 aa  77.4  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 573 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 890 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 		 795 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  36.67 
 
 		 692 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 548 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 859 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 		 803 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  35.83 
 
 		 537 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 1095 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 1050 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1193 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 		 661 aa  75.5  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 1631 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  35.83 
 
 		 956 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 		 811 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 		 701 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 793 aa  74.3  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.74 
 
 		 955 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 1036 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>