More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0711 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0711  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 91 aa  180  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0566481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  56.47 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  55 
 
 		 300 aa  90.5  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  47.67 
 
 		 304 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  47.13 
 
 		 304 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.13 
 
 		 304 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  47.67 
 
 		 304 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  45.98 
 
 		 304 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 304 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 304 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 304 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 320 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 304 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 324 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  50.62 
 
 		 301 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  54.67 
 
 		 327 aa  83.6  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  46.25 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  53.09 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 323 aa  82  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 320 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  47.5 
 
 		 305 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 318 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  47.5 
 
 		 305 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 321 aa  81.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 319 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  52.05 
 
 		 314 aa  80.9  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 300 aa  80.9  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 307 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 323 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 323 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 321 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 323 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  53.09 
 
 		 323 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 304 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  51.25 
 
 		 304 aa  80.5  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 314 aa  80.1  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  45.56 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 307 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  46.07 
 
 		 320 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 301 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 319 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 301 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 307 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 326 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 322 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 319 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 300 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  47.67 
 
 		 308 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 300 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  43.21 
 
 		 313 aa  77.4  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 309 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.33 
 
 		 309 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  42.86 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 312 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 332 aa  75.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06875  transcriptional regulator  45.88 
 
 		 85 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 298 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 299 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 308 aa  74.7  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 306 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 331 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  51.47 
 
 		 314 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 314 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 328 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 315 aa  74.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 307 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  51.32 
 
 		 300 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  45.98 
 
 		 323 aa  73.9  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 306 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 316 aa  73.9  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 300 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 300 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 306 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  40.23 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
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NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
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NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
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NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 307 aa  72  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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