225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0955 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  674    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  67.5 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  42.99 
 
 		 320 aa  258  9e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  32.72 
 
 		 330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  32.49 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.76 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  31.19 
 
 		 326 aa  159  8e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.81 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  30.41 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.35 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  27.55 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  30.03 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.26 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  29.73 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  30.58 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.51 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.84 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  29.41 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.87 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  29.68 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.55 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.9 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  26.35 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  31.32 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  30.96 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  28.25 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  29.35 
 
 		 229 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  31.91 
 
 		 350 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 330 aa  90.1  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.03 
 
 		 327 aa  89.7  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.05 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.73 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.68 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  32.73 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.41 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  26.49 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  28.21 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.74 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  22.61 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.25 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.91 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  24.67 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.18 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.81 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  23.12 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.53 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  28.46 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  29.15 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.76 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.79 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  26.12 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  22.78 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  22.22 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  24.52 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.75 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.82 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.67 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.88 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  42.31 
 
 		 904 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  25.64 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  23.83 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  23.9 
 
 		 687 aa  60.8  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  25.53 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  25.61 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  21.52 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.11 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  25.53 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  29.11 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2746  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.19 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0446014 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  23.83 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.4 
 
 		 332 aa  57  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  23.78 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.67 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  25.08 
 
 		 349 aa  56.2  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.12 
 
 		 316 aa  55.8  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.37 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  32.31 
 
 		 1078 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.22 
 
 		 298 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  26.09 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.25 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  24.04 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.05 
 
 		 324 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.43 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  23.86 
 
 		 313 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  26.1 
 
 		 325 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.69 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  23.62 
 
 		 313 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  23.86 
 
 		 313 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.62 
 
 		 319 aa  53.9  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  23.91 
 
 		 323 aa  53.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>