More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1378 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  100 
 
 
495 aa  993    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  70.93 
 
 
507 aa  688    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  55.26 
 
 
476 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  54.97 
 
 
476 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  52.41 
 
 
476 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  53.25 
 
 
534 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  52.96 
 
 
530 aa  353  5e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  60.58 
 
 
492 aa  350  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  51.6 
 
 
473 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  52.55 
 
 
446 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  50.15 
 
 
534 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  57.68 
 
 
515 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  56.82 
 
 
498 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  47.57 
 
 
1021 aa  258  2e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  47.57 
 
 
1001 aa  257  3e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  40.91 
 
 
543 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  48.39 
 
 
554 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  45.09 
 
 
580 aa  244  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.24 
 
 
472 aa  242  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.24 
 
 
459 aa  242  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  43.64 
 
 
548 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  46.4 
 
 
1079 aa  238  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.88 
 
 
532 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  45.65 
 
 
556 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.51 
 
 
455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.36 
 
 
455 aa  234  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.84 
 
 
457 aa  233  7.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.7 
 
 
395 aa  232  9e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.38 
 
 
406 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.38 
 
 
406 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.38 
 
 
406 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.38 
 
 
406 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  44.15 
 
 
553 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  44.98 
 
 
539 aa  230  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  42.34 
 
 
501 aa  229  7e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  46.06 
 
 
524 aa  229  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.24 
 
 
465 aa  227  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 
552 aa  227  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.61 
 
 
457 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  35.93 
 
 
487 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  36.83 
 
 
517 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.37 
 
 
464 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.2 
 
 
499 aa  223  4e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.75 
 
 
475 aa  223  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  42.52 
 
 
519 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  46.44 
 
 
561 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  44.72 
 
 
562 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
452 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
452 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
452 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
406 aa  221  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
406 aa  221  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
452 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  41.33 
 
 
452 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.33 
 
 
452 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  35.76 
 
 
442 aa  220  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  35.76 
 
 
442 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  46.86 
 
 
557 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.92 
 
 
564 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  37.54 
 
 
515 aa  218  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  47.92 
 
 
516 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.91 
 
 
528 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  47.72 
 
 
516 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  37.54 
 
 
515 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  37.54 
 
 
515 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  41.91 
 
 
514 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  46.22 
 
 
509 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  41.16 
 
 
511 aa  217  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  45.99 
 
 
564 aa  217  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.85 
 
 
527 aa  217  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  46.41 
 
 
530 aa  216  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  46.41 
 
 
552 aa  216  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  45.99 
 
 
528 aa  216  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.41 
 
 
530 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  46.41 
 
 
530 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.41 
 
 
530 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  46.41 
 
 
530 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.41 
 
 
553 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  36.97 
 
 
517 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  37.07 
 
 
474 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  40.71 
 
 
474 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  36.98 
 
 
519 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  40.73 
 
 
515 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  41.35 
 
 
511 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  40.73 
 
 
515 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  46.03 
 
 
570 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  45.99 
 
 
531 aa  213  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  40.73 
 
 
515 aa  213  7e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  46.47 
 
 
451 aa  212  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  40.94 
 
 
515 aa  212  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  45.57 
 
 
524 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  38.28 
 
 
518 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  40.38 
 
 
519 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  42.26 
 
 
483 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  45.57 
 
 
525 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  45.57 
 
 
525 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  40.32 
 
 
474 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  45.57 
 
 
525 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  42.26 
 
 
483 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.22 
 
 
517 aa  210  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>