More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_83606 on replicon NC_009044
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009044  PICST_83606  dihydrouridine synthase of tRNA  100 
 
 
613 aa  1278    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.85826  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00818  tRNA-dihydrouridine synthase 3 (EC 1.-.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BF62]  42.75 
 
 
714 aa  506  9.999999999999999e-143  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00050  tRNA dihydrouridine synthase, putative  36.63 
 
 
725 aa  417  9.999999999999999e-116  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_86070  predicted protein  34.39 
 
 
608 aa  365  1e-99  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13664  predicted protein  38.7 
 
 
545 aa  362  2e-98  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_1214  predicted protein  41.16 
 
 
361 aa  294  4e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  35.86 
 
 
287 aa  161  4e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.381062 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.67 
 
 
308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.72 
 
 
321 aa  126  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  28.49 
 
 
347 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  30.25 
 
 
307 aa  125  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.72 
 
 
321 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  29.97 
 
 
329 aa  125  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  31.95 
 
 
322 aa  124  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  29.25 
 
 
320 aa  124  6e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  29.05 
 
 
325 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  28.03 
 
 
326 aa  121  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.77 
 
 
306 aa  120  9e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.87 
 
 
327 aa  120  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.52 
 
 
324 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.96 
 
 
325 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  29.24 
 
 
307 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.3 
 
 
346 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.84 
 
 
353 aa  118  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.55 
 
 
332 aa  118  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  31.37 
 
 
324 aa  118  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.92 
 
 
320 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  28.72 
 
 
331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.01 
 
 
329 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  28.47 
 
 
333 aa  117  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.76 
 
 
329 aa  117  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.03 
 
 
381 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.09 
 
 
332 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  28.62 
 
 
332 aa  116  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  33.33 
 
 
350 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.11 
 
 
331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.53 
 
 
319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.78 
 
 
327 aa  115  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.25 
 
 
356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.05 
 
 
318 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  27.91 
 
 
305 aa  114  4.0000000000000004e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  30.49 
 
 
356 aa  114  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.92 
 
 
338 aa  114  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  31.85 
 
 
333 aa  113  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.66 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  28.48 
 
 
312 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  27.02 
 
 
326 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  27.02 
 
 
326 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  29.18 
 
 
336 aa  113  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  28.71 
 
 
324 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.66 
 
 
328 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.86 
 
 
355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.47 
 
 
337 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  27.4 
 
 
317 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.52 
 
 
354 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.12 
 
 
343 aa  112  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.66 
 
 
305 aa  112  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.86 
 
 
355 aa  112  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  28.66 
 
 
341 aa  111  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  29.28 
 
 
332 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.01 
 
 
308 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  29.87 
 
 
322 aa  111  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.35 
 
 
317 aa  110  6e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.41 
 
 
315 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  29.28 
 
 
332 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 
330 aa  110  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  28.95 
 
 
337 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  29.21 
 
 
329 aa  110  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  28.52 
 
 
333 aa  110  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  31.32 
 
 
355 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.8 
 
 
346 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.24 
 
 
328 aa  109  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  31.01 
 
 
346 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  30.12 
 
 
333 aa  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.04 
 
 
363 aa  109  1e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  31.32 
 
 
355 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  30.49 
 
 
352 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  31.32 
 
 
355 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  31.7 
 
 
354 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.32 
 
 
355 aa  109  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.89 
 
 
333 aa  109  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  28.34 
 
 
373 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.32 
 
 
355 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  31.32 
 
 
355 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.56 
 
 
338 aa  108  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.09 
 
 
354 aa  108  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  28.76 
 
 
353 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  28.62 
 
 
337 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  30.39 
 
 
349 aa  108  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.27 
 
 
321 aa  108  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  29.9 
 
 
337 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  29 
 
 
345 aa  107  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  28.29 
 
 
337 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  26.56 
 
 
322 aa  107  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 
321 aa  107  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>