151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_66990 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
235 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  97.87 
 
 
235 aa  455  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80.51 
 
 
236 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.89 
 
 
235 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.47 
 
 
235 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.04 
 
 
235 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.19 
 
 
235 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  83.83 
 
 
235 aa  340  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  77.02 
 
 
235 aa  333  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  75.32 
 
 
235 aa  333  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
239 aa  259  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.32 
 
 
236 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.84 
 
 
239 aa  214  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
245 aa  208  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.17 
 
 
251 aa  205  5e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.22 
 
 
234 aa  194  1e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.09 
 
 
247 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.34 
 
 
252 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.26 
 
 
237 aa  182  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.27 
 
 
247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.27 
 
 
247 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.17 
 
 
242 aa  170  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.11 
 
 
249 aa  165  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  39.22 
 
 
248 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  34.04 
 
 
260 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.84 
 
 
278 aa  99.8  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  28.62 
 
 
333 aa  94  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  31.92 
 
 
247 aa  79.3  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.97 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.41 
 
 
250 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.22 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
246 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  28.02 
 
 
254 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  28.26 
 
 
251 aa  63.5  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.98 
 
 
238 aa  60.5  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
244 aa  60.8  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  32.43 
 
 
232 aa  60.1  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  23.87 
 
 
236 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
228 aa  57.4  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.24 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.6 
 
 
245 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.33 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.76 
 
 
234 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  26.29 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
243 aa  55.5  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
246 aa  54.3  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.41 
 
 
230 aa  54.7  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  25.48 
 
 
239 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  25.48 
 
 
239 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  30.81 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
252 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
244 aa  53.1  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.19 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.69 
 
 
248 aa  53.1  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.43 
 
 
255 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.01 
 
 
240 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.9 
 
 
254 aa  52.4  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  30.26 
 
 
240 aa  52  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
255 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
255 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
255 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
255 aa  52  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
255 aa  52  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.39 
 
 
239 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  24.55 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.19 
 
 
239 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
247 aa  51.6  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
255 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3257  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.89 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.96 
 
 
242 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2857  protein of unknown function DUF558  26.89 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  26.56 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.32 
 
 
255 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0361  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.34 
 
 
243 aa  50.4  0.00003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0176387  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
255 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
255 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.32 
 
 
255 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.54 
 
 
241 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.88 
 
 
245 aa  50.1  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.05 
 
 
244 aa  49.7  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.55 
 
 
244 aa  49.7  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.05 
 
 
244 aa  49.3  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.76 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.23 
 
 
239 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.12 
 
 
244 aa  48.9  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  31.34 
 
 
239 aa  48.5  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.9 
 
 
238 aa  48.9  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.31 
 
 
244 aa  48.9  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.23 
 
 
239 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
263 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.57 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.44 
 
 
250 aa  48.1  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  22.37 
 
 
235 aa  48.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  24.8 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  48.98 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  25.22 
 
 
235 aa  47.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.82 
 
 
240 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>