177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2088 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2088  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
340 aa  676    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00176198  normal  0.0171751 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3447  putative PAS/PAC sensor protein  38.54 
 
 
199 aa  149  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.509002  normal  0.758938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5727  putative PAS/PAC sensor protein  39.44 
 
 
225 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4425  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 
235 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1401  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
216 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.495161  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1090  putative PAS/PAC sensor protein  40.11 
 
 
228 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0873  PAS fold-3 domain protein  36.95 
 
 
238 aa  139  8.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11970  RNA-binding protein with PAS domain  35.62 
 
 
247 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.494422  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5184  putative PAS/PAC sensor protein  36.76 
 
 
222 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5273  putative PAS/PAC sensor protein  36.76 
 
 
222 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5565  putative PAS/PAC sensor protein  36.76 
 
 
222 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0100  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  37.93 
 
 
241 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5113  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  39.23 
 
 
223 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5202  putative PAS/PAC sensor protein  39.23 
 
 
223 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5493  putative PAS/PAC sensor protein  39.23 
 
 
223 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3244  putative PAS/PAC sensor protein  33.86 
 
 
229 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  35.11 
 
 
365 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3029  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 
274 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0560  putative PAS/PAC sensor protein  31.63 
 
 
244 aa  95.1  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1403  ANTAR domain protein with unknown sensor  32.18 
 
 
235 aa  87  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.478088  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3293  putative PAS/PAC sensor protein  28.65 
 
 
203 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 
1116 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  28.44 
 
 
659 aa  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1618  PAS fold-3  31.78 
 
 
145 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553115  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
1676 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 
1090 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1643  putative PAS/PAC sensor protein  31.78 
 
 
145 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1589  putative PAS/PAC sensor protein  31.07 
 
 
144 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.500072  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
1965 aa  63.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
1009 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.28 
 
 
958 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.32 
 
 
817 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
986 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.54 
 
 
1148 aa  58.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  30.84 
 
 
1047 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11933  hypothetical protein  33.64 
 
 
143 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  25.93 
 
 
685 aa  57.4  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.1 
 
 
707 aa  57.4  0.0000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
1003 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
1596 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.36 
 
 
1003 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
918 aa  56.2  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  26.43 
 
 
727 aa  55.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  25.69 
 
 
1202 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  28.23 
 
 
161 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
1669 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  23.42 
 
 
1099 aa  55.1  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
712 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.338238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
696 aa  54.7  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 
823 aa  53.9  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  25.66 
 
 
754 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3946  anti-sigma-factor antagonist  33.67 
 
 
112 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
851 aa  53.9  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  29.46 
 
 
847 aa  53.5  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.09 
 
 
696 aa  53.1  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
358 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  26.13 
 
 
936 aa  52.8  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2564  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  26.53 
 
 
1089 aa  52.8  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0243  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  45.45 
 
 
246 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0253  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  45.45 
 
 
246 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.138257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
1350 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2306  anti-sigma-factor antagonist  38.61 
 
 
118 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00064789  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  29.91 
 
 
1248 aa  52  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2152  ANTAR domain protein with unknown sensor  41.43 
 
 
244 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000502711  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
1004 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  25.76 
 
 
704 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.93 
 
 
1273 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.7 
 
 
572 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  27.1 
 
 
945 aa  50.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4938  anti-sigma-factor antagonist  37 
 
 
125 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.564553  normal  0.704435 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.97 
 
 
869 aa  51.2  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0082  ANTAR domain protein with unknown sensor  41.79 
 
 
270 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.265172  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  25.9 
 
 
1626 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4878  PAS fold-3 domain protein  34.72 
 
 
142 aa  50.8  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
954 aa  49.7  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
547 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
551 aa  49.7  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5157  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 
115 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.861722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5246  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 
115 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3003  anti-sigma-factor antagonist  30.71 
 
 
130 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5538  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 
115 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173931  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  27.03 
 
 
956 aa  49.7  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
773 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  26.53 
 
 
1589 aa  49.3  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
489 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.748441  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
1064 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
703 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
450 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
1111 aa  49.3  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.48 
 
 
1070 aa  49.3  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.03 
 
 
862 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  27.12 
 
 
1019 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
3706 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0136  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
665 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 
1514 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
1068 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 
1514 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  23.57 
 
 
727 aa  48.5  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
2693 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  30.1 
 
 
1969 aa  48.1  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>