More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_2241 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_2241  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  100 
 
 		 176 aa  356  9e-98  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.270125  hitchhiker  0.00212612 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1391  DNA-directed RNA polymerase  61.27 
 
 		 180 aa  222  2e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1437  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  47.13 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.194518 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1197  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.55 
 
 		 187 aa  168  4e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.824142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0471  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  46.55 
 
 		 187 aa  167  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1425  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  44.83 
 
 		 188 aa  164  8e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.68 
 
 		 195 aa  156  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.45768  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1235  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.04 
 
 		 198 aa  149  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1136  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.68 
 
 		 211 aa  145  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.418303 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.75 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0285  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.91 
 
 		 194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2231  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.24 
 
 		 191 aa  136  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.569395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0922  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.24 
 
 		 195 aa  135  4e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.188149 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1321  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  43.68 
 
 		 206 aa  134  5e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2280  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.91 
 
 		 192 aa  133  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000121827  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0897  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.68 
 
 		 191 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.762651  normal  0.613497 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0245  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.1 
 
 		 213 aa  127  6e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2242  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  40.49 
 
 		 188 aa  124  6e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0658  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.68 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1990  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  41.24 
 
 		 194 aa  120  9e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2863  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  37.58 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00140863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0603  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.65 
 
 		 199 aa  117  7.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0728  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.95 
 
 		 192 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2207  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  38.95 
 
 		 189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0568  DNA-directed RNA polymerase  36.7 
 
 		 199 aa  106  1e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.686614  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2396  DNA-directed RNA polymerase subunit E'  34.66 
 
 		 191 aa  105  4e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1488  DNA-directed RNA polymerase  36.63 
 
 		 189 aa  104  6e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.462584  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3454  DNA-directed RNA polymerase  37.21 
 
 		 191 aa  102  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  38.2 
 
 		 773 aa  68.2  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19835  predicted protein  35.58 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.241408  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  42.65 
 
 		 760 aa  62.4  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  34.83 
 
 		 784 aa  61.6  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34242  subunit of RNA polymerase III  27.21 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0406434 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14471  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  36 
 
 		 796 aa  60.1  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  36.08 
 
 		 819 aa  58.9  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  36.11 
 
 		 817 aa  58.2  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  26.56 
 
 		 818 aa  57.4  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.06 
 
 		 735 aa  57  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  39.71 
 
 		 804 aa  57  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 813 aa  57  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  36.11 
 
 		 808 aa  56.6  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  33.33 
 
 		 833 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  36.11 
 
 		 808 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  36.11 
 
 		 808 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  36.11 
 
 		 809 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  34.72 
 
 		 826 aa  55.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 812 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 812 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 812 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 812 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.84 
 
 		 812 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.6 
 
 		 805 aa  55.5  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.11 
 
 		 759 aa  55.1  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  34.72 
 
 		 807 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  34.72 
 
 		 807 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.72 
 
 		 807 aa  55.1  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  34.72 
 
 		 807 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  34.72 
 
 		 807 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10421  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  36.11 
 
 		 769 aa  54.7  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.931628  hitchhiker  0.000483277 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.11 
 
 		 763 aa  54.7  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  37.5 
 
 		 829 aa  54.3  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 828 aa  54.3  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0360  RNA binding S1:cold shock protein  36.11 
 
 		 765 aa  54.3  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.2133  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  34.57 
 
 		 792 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  33.33 
 
 		 833 aa  53.9  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  33.33 
 
 		 819 aa  53.9  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.63 
 
 		 752 aa  53.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  37.88 
 
 		 826 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 824 aa  53.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0953  RNA binding S1  34.72 
 
 		 739 aa  53.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.36 
 
 		 758 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10221  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  34.72 
 
 		 740 aa  53.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.222405  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09231  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  36.11 
 
 		 740 aa  52.8  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.124086  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  32.88 
 
 		 838 aa  52.4  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10211  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  38.46 
 
 		 753 aa  52.4  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  33.33 
 
 		 746 aa  52.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  32.88 
 
 		 836 aa  52.4  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  37.31 
 
 		 819 aa  52.4  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.33 
 
 		 824 aa  52.4  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  33.33 
 
 		 746 aa  52.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  34.85 
 
 		 762 aa  52  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  37.31 
 
 		 842 aa  52  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  36.62 
 
 		 822 aa  52  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  35.21 
 
 		 806 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  35.21 
 
 		 806 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  32.1 
 
 		 790 aa  52  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  32.1 
 
 		 790 aa  52  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  35.21 
 
 		 806 aa  52  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  35.21 
 
 		 810 aa  52  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  38.03 
 
 		 828 aa  52  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  35.21 
 
 		 808 aa  52  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  35.21 
 
 		 808 aa  52  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>