More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1501 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 267 aa  544  1e-154  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.85 
 
 		 252 aa  330  2e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 463 aa  115  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.51 
 
 		 378 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.25 
 
 		 462 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  38.06 
 
 		 1433 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 		 398 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.26 
 
 		 375 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.26 
 
 		 375 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.51 
 
 		 565 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.26 
 
 		 375 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 375 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.39 
 
 		 476 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.94 
 
 		 1442 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  36.53 
 
 		 1426 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  32.74 
 
 		 1465 aa  101  2e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.09 
 
 		 392 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.11 
 
 		 174 aa  99.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  35.5 
 
 		 1421 aa  99.8  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.06 
 
 		 1407 aa  99.4  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.88 
 
 		 921 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  37.18 
 
 		 1435 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 		 482 aa  97.1  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1635 aa  97.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.4 
 
 		 453 aa  96.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 		 530 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.18 
 
 		 205 aa  96.3  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  34.34 
 
 		 1365 aa  95.9  6e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.54 
 
 		 1397 aa  95.9  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  39.1 
 
 		 1444 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  36.08 
 
 		 1433 aa  94  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  35.64 
 
 		 584 aa  94.7  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 		 695 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 381 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.84 
 
 		 456 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 383 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  33.33 
 
 		 381 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  35.63 
 
 		 379 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 381 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 		 574 aa  92.8  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  35.26 
 
 		 1433 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  35.26 
 
 		 1433 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1433 aa  92  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  35.9 
 
 		 970 aa  92  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  40.62 
 
 		 574 aa  91.7  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  36.14 
 
 		 695 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.55 
 
 		 605 aa  91.3  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  35.26 
 
 		 1433 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 		 695 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  35.48 
 
 		 1449 aa  91.7  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.09 
 
 		 466 aa  91.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 		 395 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  33.93 
 
 		 707 aa  90.9  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.84 
 
 		 453 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  34.84 
 
 		 1449 aa  89.7  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 		 584 aa  89.4  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  34.19 
 
 		 457 aa  89.7  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 		 203 aa  89.4  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.44 
 
 		 481 aa  89.4  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  38.27 
 
 		 570 aa  89.4  6e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.77 
 
 		 180 aa  89.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 		 714 aa  89.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  35.5 
 
 		 485 aa  89  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  33.95 
 
 		 1447 aa  89  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.11 
 
 		 479 aa  88.6  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 		 470 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  35.75 
 
 		 585 aa  88.2  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.47 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  36.88 
 
 		 1436 aa  87.4  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  38.6 
 
 		 584 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  32.68 
 
 		 1464 aa  87.4  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  36.88 
 
 		 1438 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 		 1468 aa  86.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  33.74 
 
 		 1402 aa  87  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 		 530 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  36.88 
 
 		 1438 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 449 aa  87  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 		 203 aa  87  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.77 
 
 		 456 aa  86.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 		 204 aa  86.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 		 196 aa  86.3  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.23 
 
 		 929 aa  85.9  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  36.71 
 
 		 729 aa  85.9  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 		 769 aa  85.5  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  37.42 
 
 		 616 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 		 502 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.72 
 
 		 715 aa  85.1  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 		 1367 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.17 
 
 		 595 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  39.58 
 
 		 560 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 		 1367 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 		 1527 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.09 
 
 		 609 aa  83.6  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 		 659 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>