136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3347 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  100 
 
 		 233 aa  455  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  45.41 
 
 		 233 aa  152  5e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.97 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.61 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.5 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.5 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  37.56 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  40.64 
 
 		 236 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  35.92 
 
 		 237 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  33.33 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.52 
 
 		 235 aa  89.7  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29 
 
 		 205 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.23 
 
 		 203 aa  79.3  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.81 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.52 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 		 695 aa  72.4  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.17 
 
 		 695 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  33.17 
 
 		 695 aa  72  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 		 719 aa  72  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  31.28 
 
 		 729 aa  71.6  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.86 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  23.26 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.72 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.87 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 722 aa  67.8  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.02 
 
 		 707 aa  67.4  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 719 aa  66.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.41 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 498 aa  64.7  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  30.21 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.45 
 
 		 659 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.79 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 		 485 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.71 
 
 		 714 aa  62.8  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.91 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  31.94 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  29.32 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 706 aa  62  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  29.02 
 
 		 223 aa  62  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  23.24 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  27.96 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  27.44 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 769 aa  60.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.41 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  24.54 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  26.49 
 
 		 1390 aa  59.3  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  33.91 
 
 		 616 aa  58.5  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.26 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 721 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  27.01 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.1 
 
 		 731 aa  56.2  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.77 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  29.95 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.49 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 952 aa  54.7  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  25.13 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.1 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  29.85 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  28.02 
 
 		 1433 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  28.02 
 
 		 1433 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  28.02 
 
 		 1433 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.06 
 
 		 1432 aa  54.3  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.64 
 
 		 1442 aa  53.5  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  28.02 
 
 		 1433 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.15 
 
 		 186 aa  53.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.15 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1438 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1438 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  23.2 
 
 		 210 aa  52.8  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  27.41 
 
 		 1426 aa  52.8  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.35 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  25.77 
 
 		 1449 aa  52.4  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 		 1433 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  25.82 
 
 		 1433 aa  52.4  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 		 1433 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  27.47 
 
 		 970 aa  52  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 		 1433 aa  52  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 		 1433 aa  52  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  25.77 
 
 		 1449 aa  52  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27 
 
 		 233 aa  51.6  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1436 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  24.06 
 
 		 320 aa  51.6  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 251 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 		 1433 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.49 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  27.03 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  29.32 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.1 
 
 		 180 aa  50.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>