More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3237 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  57.61 
 
 		 594 aa  654    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  59.57 
 
 		 622 aa  713    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  60.16 
 
 		 622 aa  695    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  58.5 
 
 		 578 aa  673    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  89.4 
 
 		 576 aa  1019    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  58.65 
 
 		 630 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  59.43 
 
 		 561 aa  640    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  57.87 
 
 		 648 aa  704    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  74.1 
 
 		 568 aa  863    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 613 aa  1228    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  60.57 
 
 		 542 aa  711    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  74.26 
 
 		 570 aa  875    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  97.23 
 
 		 614 aa  1119    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  78.52 
 
 		 572 aa  917    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  56.98 
 
 		 574 aa  667    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  54.15 
 
 		 539 aa  615  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  53.22 
 
 		 536 aa  587  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  52.07 
 
 		 539 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 541 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  49.66 
 
 		 541 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  51.75 
 
 		 514 aa  548  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  50.33 
 
 		 537 aa  546  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  49.25 
 
 		 539 aa  539  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  50.17 
 
 		 550 aa  529  1e-149  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  49.75 
 
 		 532 aa  512  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  48.18 
 
 		 531 aa  497  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  40.19 
 
 		 576 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  55.43 
 
 		 522 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  37.72 
 
 		 551 aa  314  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  35.41 
 
 		 584 aa  311  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  34.93 
 
 		 533 aa  301  2e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  36.29 
 
 		 552 aa  299  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  37.25 
 
 		 532 aa  297  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 551 aa  297  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  37.09 
 
 		 533 aa  296  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  37.09 
 
 		 533 aa  296  9e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  36 
 
 		 552 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 552 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  33.72 
 
 		 530 aa  294  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 566 aa  291  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 559 aa  291  3e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  35.79 
 
 		 552 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  37.79 
 
 		 542 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  32.95 
 
 		 535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  33.55 
 
 		 530 aa  286  1.0000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  35.06 
 
 		 562 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  35.73 
 
 		 559 aa  283  8.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  35.84 
 
 		 553 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  33.82 
 
 		 532 aa  279  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 558 aa  279  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  36.3 
 
 		 544 aa  278  2e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  35.36 
 
 		 552 aa  277  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  35.86 
 
 		 534 aa  277  4e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  35.46 
 
 		 535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 534 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  34.53 
 
 		 567 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  37.34 
 
 		 563 aa  274  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  34.16 
 
 		 571 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  33.55 
 
 		 538 aa  270  4e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 561 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  30.19 
 
 		 545 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  37.82 
 
 		 532 aa  252  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 554 aa  250  5e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  32.68 
 
 		 551 aa  249  7e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  27.47 
 
 		 546 aa  242  2e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  28.31 
 
 		 546 aa  238  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  28.14 
 
 		 546 aa  237  4e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  35.29 
 
 		 576 aa  195  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.89 
 
 		 1017 aa  166  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.52 
 
 		 562 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.52 
 
 		 567 aa  146  1e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.03 
 
 		 553 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  28.3 
 
 		 546 aa  139  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.36 
 
 		 550 aa  139  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.04 
 
 		 610 aa  133  9e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  28.57 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.04 
 
 		 592 aa  131  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.91 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.35 
 
 		 548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.22 
 
 		 556 aa  124  4e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 		 519 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 		 507 aa  122  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.13 
 
 		 509 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.58 
 
 		 594 aa  121  4.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.17 
 
 		 513 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.47 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.64 
 
 		 552 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  32.69 
 
 		 508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 511 aa  118  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 		 527 aa  117  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.55 
 
 		 531 aa  117  6e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.38 
 
 		 506 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.06 
 
 		 592 aa  115  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.18 
 
 		 547 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.26 
 
 		 513 aa  113  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  33.81 
 
 		 520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.73 
 
 		 573 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  33.81 
 
 		 520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  33.81 
 
 		 520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>