More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_1625 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 275 aa  563  1e-160  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  61.71 
 
 		 269 aa  355  5.999999999999999e-97  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 267 aa  191  1e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.53 
 
 		 276 aa  175  6e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.46 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.89 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.44 
 
 		 281 aa  142  7e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 270 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 285 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 261 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.12 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 261 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 284 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.08 
 
 		 246 aa  128  8.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 267 aa  128  9.000000000000001e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 263 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  34.46 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 332 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  33.59 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  35.34 
 
 		 259 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  33.99 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  34.27 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 261 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 270 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 261 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 261 aa  125  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 262 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.48 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 264 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  31.11 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 261 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 261 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 261 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 262 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.9 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 269 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.15 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.15 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 270 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  33.77 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>