More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3879 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3879  type II secretion system protein  100 
 
 		 397 aa  780    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1294  type II secretion system protein F  53.37 
 
 		 389 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0082723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1342  type II secretion system protein  48.62 
 
 		 395 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1433  type II secretion system protein F  47.85 
 
 		 392 aa  345  6e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28630  Type II secretion system protein F  46.84 
 
 		 396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2589  type II secretion system protein  46.95 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1972  type II secretion system protein  46.19 
 
 		 395 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.603788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2420  type II secretion system protein  47.53 
 
 		 393 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3424  type II secretion system protein  48.36 
 
 		 403 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.766631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2338  type II secretion system protein  48.11 
 
 		 396 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2516  type II secretion system protein  46.85 
 
 		 396 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136161 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2793  type II secretion system protein  46.21 
 
 		 396 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.289636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3222  type II secretion system protein  44.08 
 
 		 394 aa  279  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.333811 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2309  putative GSPF-related transmembrane protein  39.67 
 
 		 400 aa  236  6e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1432  type II secretion system protein  37.66 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4712  Type II secretory pathway, gspf-related transmembrane protein  35.66 
 
 		 413 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.992517  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1784  type IV pilus biogenesis protein PilC, putative  33.58 
 
 		 402 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1865  type II secretion system protein  35.91 
 
 		 402 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_003296  RS02971  general secretion pathway GSPF-like transmembrane protein  40.2 
 
 		 395 aa  219  7e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1923  type II secretion system protein  32.45 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.919085  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  29.95 
 
 		 406 aa  213  7e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1450  type II secretion system protein  34.96 
 
 		 405 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  27.72 
 
 		 406 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1685  type II secretory pathway, component PulF  31.71 
 
 		 402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000381238  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  30.41 
 
 		 405 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  29.59 
 
 		 405 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  27.54 
 
 		 405 aa  192  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  28.4 
 
 		 405 aa  192  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  28.64 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  29.34 
 
 		 405 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  31.98 
 
 		 417 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  31.69 
 
 		 417 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  27.97 
 
 		 407 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  31.69 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  30 
 
 		 404 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  29.85 
 
 		 408 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  30.77 
 
 		 409 aa  187  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1278  type II secretion system protein  33.72 
 
 		 401 aa  186  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.99 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  29.73 
 
 		 406 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  28.86 
 
 		 405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  29.04 
 
 		 401 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  27.71 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  30.39 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  27.87 
 
 		 410 aa  180  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  27.37 
 
 		 419 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.7 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  26.77 
 
 		 419 aa  176  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2421  type II secretion system protein  36.01 
 
 		 402 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.610249  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  30.99 
 
 		 403 aa  175  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  28.65 
 
 		 406 aa  174  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  30.79 
 
 		 409 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  28.65 
 
 		 406 aa  173  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  27.66 
 
 		 401 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  25.2 
 
 		 463 aa  172  1e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  30.99 
 
 		 419 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  27.72 
 
 		 401 aa  171  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  27.51 
 
 		 406 aa  172  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  25.2 
 
 		 463 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  27.43 
 
 		 409 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2613  type II secretion system protein  35.57 
 
 		 382 aa  171  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.95954 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1968  Type II secretion system F domain-containing protein  27.37 
 
 		 407 aa  170  3e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  26.55 
 
 		 404 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  25.32 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  26.43 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  26.55 
 
 		 404 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2412  type II secretion system protein  26.12 
 
 		 405 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  27.49 
 
 		 407 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3005  type II secretion system protein  33.14 
 
 		 401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00232151 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  27.38 
 
 		 403 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  28.98 
 
 		 417 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  25.32 
 
 		 405 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  25.21 
 
 		 405 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  28.78 
 
 		 416 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3372  type IV pilin biogenesis protein  27.27 
 
 		 399 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1043  type IV pilin biogenesis protein  27.27 
 
 		 399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0343376 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  28.31 
 
 		 409 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  24.66 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  25.91 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1723  Type II secretion system F domain protein  29.33 
 
 		 409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  24.66 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3008  type II secretion system protein  29.77 
 
 		 403 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.314245 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  27.56 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.28 
 
 		 404 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  28.03 
 
 		 422 aa  163  5.0000000000000005e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  26.37 
 
 		 405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0473  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin protein  26.69 
 
 		 408 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.615107  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1169  type II secretion system protein  29.82 
 
 		 400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2271  type II secretion system protein F  25.06 
 
 		 401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06891  Type II secretory pathway component PulF-like protein  26.99 
 
 		 453 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.807158  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  25.14 
 
 		 406 aa  163  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3500  type IV pilin biogenesis protein  28.14 
 
 		 378 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  28.67 
 
 		 409 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  25.52 
 
 		 405 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.15 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  29.85 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  30.42 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  28.86 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  29.85 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4184  type II secretion system protein  25.66 
 
 		 404 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.130479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>