More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_3912 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
245 aa  495  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  68.31 
 
 
246 aa  333  2e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.06 
 
 
257 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.66 
 
 
257 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.3 
 
 
257 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.83 
 
 
239 aa  291  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  64.32 
 
 
249 aa  290  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.78 
 
 
254 aa  235  5.0000000000000005e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.46 
 
 
238 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  50.41 
 
 
250 aa  218  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  49.17 
 
 
250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  49.59 
 
 
250 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.63 
 
 
249 aa  208  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  45.42 
 
 
267 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  45.2 
 
 
265 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  47.52 
 
 
250 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.44 
 
 
251 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  47.97 
 
 
264 aa  191  7e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.96 
 
 
251 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
245 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  48.55 
 
 
253 aa  186  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.17 
 
 
251 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.19 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.15 
 
 
245 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.86 
 
 
248 aa  181  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.19 
 
 
257 aa  181  9.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.15 
 
 
245 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.62 
 
 
249 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.44 
 
 
285 aa  178  9e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.3 
 
 
251 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.7 
 
 
245 aa  174  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.06 
 
 
210 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  43.88 
 
 
250 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.7 
 
 
248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.61 
 
 
242 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.15 
 
 
248 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.46 
 
 
247 aa  172  5.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.61 
 
 
261 aa  167  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.71 
 
 
247 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.4 
 
 
250 aa  140  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.91 
 
 
238 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.5 
 
 
228 aa  125  5e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  38.06 
 
 
244 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.18 
 
 
240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.78 
 
 
239 aa  112  6e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.25 
 
 
239 aa  109  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  34.57 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
240 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.22 
 
 
243 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  36.8 
 
 
251 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.93 
 
 
245 aa  105  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.86 
 
 
244 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.86 
 
 
242 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
244 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.65 
 
 
257 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.02 
 
 
239 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.26 
 
 
244 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
241 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.25 
 
 
247 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
244 aa  100  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
244 aa  100  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.55 
 
 
240 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
256 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  30.64 
 
 
248 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.38 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  36 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.38 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  35.77 
 
 
242 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
244 aa  96.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.97 
 
 
239 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.05 
 
 
251 aa  96.7  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.08 
 
 
242 aa  95.9  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.97 
 
 
239 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.53 
 
 
240 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.73 
 
 
240 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.6 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.97 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.23 
 
 
249 aa  94  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
255 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.69 
 
 
241 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.8 
 
 
244 aa  92.4  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
250 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.92 
 
 
244 aa  92.4  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  31.12 
 
 
243 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
250 aa  92  9e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.6 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.86 
 
 
255 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>