More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1306 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  96.61 
 
 		 295 aa  557  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 		 310 aa  324  1e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  56.58 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  53.36 
 
 		 292 aa  295  7e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  54.93 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  51.99 
 
 		 304 aa  279  5e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 294 aa  229  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  45.06 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.96 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.57 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  45.23 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.52 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  45.59 
 
 		 311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  45.04 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.8 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 310 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  47.74 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 310 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 309 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  47.33 
 
 		 304 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 321 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 311 aa  209  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 321 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  44.01 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 241 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  45.2 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  51.42 
 
 		 371 aa  204  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  46.22 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 293 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 293 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.74 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 344 aa  202  6e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  43.8 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  46.27 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 244 aa  198  7e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 310 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 380 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.84 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 314 aa  195  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 339 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  43.69 
 
 		 317 aa  189  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 312 aa  188  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>