More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0995 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
302 aa  617  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  95.7 
 
 
302 aa  590  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2942  RluA family pseudouridine synthase  58.11 
 
 
296 aa  361  9e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  52.88 
 
 
296 aa  304  9.000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.49 
 
 
296 aa  294  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  54.32 
 
 
310 aa  292  4e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  46.1 
 
 
300 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 
306 aa  142  9e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.1 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 
304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  34.27 
 
 
344 aa  135  9e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.31 
 
 
304 aa  135  9e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.33 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.07 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 
299 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 
319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  33.01 
 
 
317 aa  130  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
311 aa  129  6e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.99 
 
 
331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.77 
 
 
328 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  31.53 
 
 
318 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  31.37 
 
 
309 aa  126  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.53 
 
 
304 aa  126  5e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
305 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.1 
 
 
316 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.75 
 
 
339 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  30.22 
 
 
339 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
305 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  30.06 
 
 
339 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  30.06 
 
 
339 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  32.59 
 
 
323 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2357  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.86 
 
 
296 aa  122  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0609  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.94 
 
 
320 aa  122  6e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 
304 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.23 
 
 
314 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.29 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.03 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  29.93 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.02 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.55 
 
 
403 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  31 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  30.96 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  32.73 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.48 
 
 
314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
285 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.04 
 
 
305 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 
304 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  29.46 
 
 
307 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  30.28 
 
 
293 aa  120  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  29.86 
 
 
303 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0588  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.2 
 
 
284 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.900058  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  29.55 
 
 
325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.86 
 
 
315 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  28.9 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.47 
 
 
323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.49 
 
 
315 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.27 
 
 
312 aa  119  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.3 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  29.8 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.92 
 
 
329 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.92 
 
 
329 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.72 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
323 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  31.27 
 
 
306 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  33.78 
 
 
339 aa  117  3e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.03 
 
 
315 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 
320 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.83 
 
 
334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  30.19 
 
 
323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  31.97 
 
 
270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  28.74 
 
 
307 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  28.94 
 
 
321 aa  116  5e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.79 
 
 
308 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.14 
 
 
319 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.74 
 
 
307 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.74 
 
 
307 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  30.14 
 
 
310 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.39 
 
 
319 aa  116  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  29.33 
 
 
320 aa  115  6e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.74 
 
 
307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  30.26 
 
 
328 aa  115  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.74 
 
 
307 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  31.88 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.23 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.32 
 
 
303 aa  115  7.999999999999999e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  27.4 
 
 
310 aa  115  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  30.49 
 
 
330 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.38 
 
 
326 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  29.83 
 
 
334 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.32 
 
 
303 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>