More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6221 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6221  site-specific recombinase XerD-like protein  100 
 
 		 142 aa  286  8e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  52.11 
 
 		 309 aa  152  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  52.11 
 
 		 308 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1095  phage integrase  48.59 
 
 		 242 aa  124  6e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  43.66 
 
 		 277 aa  123  8.000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3692  integrase family protein  38.89 
 
 		 296 aa  104  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.859862 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  39.29 
 
 		 347 aa  89  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  35.21 
 
 		 319 aa  84  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  35.21 
 
 		 319 aa  84  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  35.21 
 
 		 319 aa  84  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  38.3 
 
 		 300 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  36.05 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3052  phage integrase  48.61 
 
 		 289 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.378569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  36.11 
 
 		 297 aa  73.9  0.0000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  29.17 
 
 		 319 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0669  integrase-recombinase  29.17 
 
 		 311 aa  70.1  0.000000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  32.14 
 
 		 307 aa  68.2  0.00000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  32.86 
 
 		 307 aa  65.1  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  27.41 
 
 		 304 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0116  site-specific recombinase XerD-like  41.1 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.5944 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  26.32 
 
 		 332 aa  62  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  37.19 
 
 		 295 aa  62  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  34.62 
 
 		 307 aa  61.6  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 		 299 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 308 aa  60.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  31.97 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.11 
 
 		 347 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  33.62 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  32.33 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  30.14 
 
 		 295 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  30.82 
 
 		 295 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0056  phage integrase family protein  30.2 
 
 		 332 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 309 aa  57  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  29.66 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  28.47 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  29.86 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  31.94 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  32.14 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 302 aa  57  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  31.08 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  31.4 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  26.35 
 
 		 312 aa  55.5  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  28.08 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00070  putative site-specific recombinase  30.85 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.86 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  31.08 
 
 		 307 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.29 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.45 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  31.08 
 
 		 307 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 319 aa  54.7  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  30.82 
 
 		 295 aa  54.7  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.96 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  54.7  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.51 
 
 		 299 aa  54.7  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  31.65 
 
 		 324 aa  54.3  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.41 
 
 		 315 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.78 
 
 		 284 aa  54.3  0.0000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  31.39 
 
 		 298 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  30.66 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 298 aa  53.9  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 298 aa  53.9  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 306 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  30.23 
 
 		 323 aa  53.5  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.5  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  27.4 
 
 		 292 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 294 aa  52.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  30.41 
 
 		 307 aa  52.8  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.66 
 
 		 298 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  34.06 
 
 		 313 aa  53.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  37.84 
 
 		 338 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 		 293 aa  53.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  39 
 
 		 336 aa  53.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  32.39 
 
 		 295 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.4 
 
 		 295 aa  53.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  31.21 
 
 		 308 aa  53.1  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  28.08 
 
 		 302 aa  53.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2540  integrase family protein  28.57 
 
 		 350 aa  52.8  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  37.21 
 
 		 329 aa  53.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>