92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3455 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3455  putative lipoprotein  100 
 
 		 418 aa  833    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.235747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1285  hypothetical protein  71.39 
 
 		 415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.193911  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.88 
 
 		 408 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3860  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.47 
 
 		 391 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.591828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  30.21 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  20.5 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4487  putative high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.75 
 
 		 421 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 		 382 aa  56.2  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4563  putative lipoprotein  31.25 
 
 		 424 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 		 400 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 412 aa  51.2  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2697  putative branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 432 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.614277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  26.52 
 
 		 447 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 374 aa  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 374 aa  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 401 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0380  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  29.44 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 391 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  33.09 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 		 368 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  22.51 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  27 
 
 		 434 aa  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2134  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 412 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1267  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 471 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 		 378 aa  47.8  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  30.97 
 
 		 451 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 		 375 aa  47.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1298  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 471 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  36.73 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  36.73 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 393 aa  47.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 394 aa  47.4  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 394 aa  47.4  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  36.73 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.79 
 
 		 399 aa  47  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 381 aa  47  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 423 aa  46.6  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 		 383 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 		 392 aa  45.8  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.52 
 
 		 416 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  32.22 
 
 		 379 aa  46.2  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.22 
 
 		 380 aa  46.2  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 402 aa  46.6  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 		 426 aa  45.8  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 372 aa  46.6  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.15 
 
 		 427 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 377 aa  46.2  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  35.71 
 
 		 371 aa  45.8  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 		 377 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 426 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1908  extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  25.89 
 
 		 386 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.81 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 358 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  33.66 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 		 380 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  39.73 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 393 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  23.83 
 
 		 438 aa  44.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  24.46 
 
 		 415 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.94 
 
 		 376 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 412 aa  44.7  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 		 396 aa  44.3  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25 
 
 		 448 aa  44.3  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  35.21 
 
 		 407 aa  44.3  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  20.66 
 
 		 397 aa  43.9  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 		 384 aa  44.3  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 402 aa  43.5  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  27.91 
 
 		 405 aa  43.5  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 411 aa  43.1  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  34.25 
 
 		 383 aa  43.1  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>