270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3383 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3383  rhomboid family protein  100 
 
 		 234 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  60 
 
 		 211 aa  240  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  42.55 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4052  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0629739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3327  rhomboid family membrane protein  38.1 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0229306  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.91 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  32.24 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  33.74 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  32.94 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  38.26 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  33.74 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  33.78 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  33.82 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  35.4 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  35 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  27.8 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.97 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.07 
 
 		 281 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  33.78 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  33.95 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.74 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31.09 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  26.09 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  34.18 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  35.33 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  31.39 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.74 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.3 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  35.16 
 
 		 519 aa  62.4  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.52 
 
 		 396 aa  62  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0444  rhomboid-like protein  30.22 
 
 		 228 aa  62  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  32.3 
 
 		 248 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  32.48 
 
 		 282 aa  62  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  30 
 
 		 258 aa  62  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.66 
 
 		 342 aa  61.6  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  32.59 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  31 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  32.41 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  30.46 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  34 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  33.55 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  29.08 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  27.19 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.76 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  31.47 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  37.14 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  32.62 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  27.5 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.13 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  29.81 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  32.39 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  29.26 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  31.79 
 
 		 261 aa  58.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.33 
 
 		 554 aa  58.9  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  29.61 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  32.43 
 
 		 286 aa  58.5  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  22.71 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.97 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  33.94 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  31.45 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  32.24 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  26.61 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  29.81 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  30.5 
 
 		 292 aa  57  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  30.82 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.41 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  31.39 
 
 		 303 aa  57  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  40.45 
 
 		 389 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  28.48 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  35.56 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  30.22 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  27.16 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  28.99 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  31.61 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  29.94 
 
 		 247 aa  55.1  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  33.65 
 
 		 155 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  45.45 
 
 		 267 aa  55.1  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  31.82 
 
 		 359 aa  55.1  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  28.12 
 
 		 263 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  29.32 
 
 		 487 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  32 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  30.14 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  27.98 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  29.63 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  31.17 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  34.56 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  30.57 
 
 		 273 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  34.31 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>