More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0483 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0483  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
341 aa  696    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.322917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  48.95 
 
 
376 aa  325  5e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1780  dihydrouridine synthase DuS  50.29 
 
 
340 aa  323  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2299  dihydrouridine synthase, DuS  45.59 
 
 
332 aa  293  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.755764 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2651  dihydrouridine synthase DuS  44.44 
 
 
383 aa  282  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.93 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 
347 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.9 
 
 
319 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  31.75 
 
 
326 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.03 
 
 
357 aa  165  9e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.54 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  32.04 
 
 
318 aa  162  7e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  30.35 
 
 
322 aa  160  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  30.53 
 
 
326 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  30.53 
 
 
326 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.31 
 
 
362 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.23 
 
 
321 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  33.12 
 
 
343 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  31.78 
 
 
325 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.84 
 
 
406 aa  157  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.66 
 
 
343 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.23 
 
 
350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  33.33 
 
 
362 aa  154  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.6 
 
 
321 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  33.99 
 
 
332 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.9 
 
 
370 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  29.85 
 
 
333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  33.66 
 
 
332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  39.33 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
393 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.25 
 
 
325 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.51 
 
 
351 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.18 
 
 
351 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  31.58 
 
 
342 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.06 
 
 
332 aa  150  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.77 
 
 
400 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.59 
 
 
351 aa  149  5e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 
351 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  36.3 
 
 
327 aa  149  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.57 
 
 
337 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 
379 aa  149  6e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  32.88 
 
 
370 aa  149  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.97 
 
 
332 aa  149  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.17 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  27.3 
 
 
320 aa  147  3e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
332 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.52 
 
 
333 aa  146  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.51 
 
 
333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.18 
 
 
442 aa  145  8.000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.24 
 
 
394 aa  145  9e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.42 
 
 
334 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  33.33 
 
 
322 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  30.57 
 
 
334 aa  144  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.01 
 
 
332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
332 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
346 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  29.58 
 
 
324 aa  144  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.01 
 
 
332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.69 
 
 
332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.69 
 
 
332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.21 
 
 
343 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.56 
 
 
338 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  30.98 
 
 
344 aa  142  6e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  33.22 
 
 
336 aa  142  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.58 
 
 
436 aa  142  7e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  39.32 
 
 
345 aa  142  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  33.56 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
349 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.01 
 
 
394 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  34.56 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.77 
 
 
321 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  33.56 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.82 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  28.01 
 
 
331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  33.89 
 
 
337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.79 
 
 
324 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.21 
 
 
330 aa  140  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.79 
 
 
324 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.36 
 
 
327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.28 
 
 
353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  32.05 
 
 
329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  31.06 
 
 
349 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.77 
 
 
321 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  30.25 
 
 
414 aa  139  6e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.9 
 
 
362 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.51 
 
 
388 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.96 
 
 
331 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.55 
 
 
321 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.96 
 
 
337 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.56 
 
 
336 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.56 
 
 
336 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  33.44 
 
 
335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 
396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 
398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>