More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1444 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 256 aa  521  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  52.73 
 
 		 243 aa  292  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  54.79 
 
 		 259 aa  289  3e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.38 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.4 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.95 
 
 		 261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  39.3 
 
 		 254 aa  199  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  42.97 
 
 		 251 aa  198  7e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 256 aa  195  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.7 
 
 		 259 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.02 
 
 		 255 aa  191  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.16 
 
 		 262 aa  188  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  41.29 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.8 
 
 		 253 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.65 
 
 		 250 aa  176  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.92 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  37.11 
 
 		 250 aa  171  9e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.94 
 
 		 251 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  36.54 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.85 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 251 aa  158  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 252 aa  154  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.38 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  62.39 
 
 		 153 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 255 aa  148  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 253 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.95 
 
 		 252 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  31.37 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.96 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 246 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  29 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.01 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.25 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.77 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.1 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.73 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 272 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.63 
 
 		 237 aa  97.1  3e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 		 257 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  26.74 
 
 		 254 aa  95.9  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  27.31 
 
 		 251 aa  95.5  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.22 
 
 		 261 aa  95.5  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 270 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 252 aa  93.6  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 263 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 253 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  28.27 
 
 		 263 aa  92.4  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.82 
 
 		 275 aa  92  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.33 
 
 		 254 aa  92  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.07 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.83 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 265 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 254 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.98 
 
 		 275 aa  91.3  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.27 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.36 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  26.09 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.27 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.91 
 
 		 243 aa  89.7  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  25 
 
 		 261 aa  89.7  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  27.98 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.29 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.38 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.15 
 
 		 257 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 273 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.25 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.77 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.52 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  27.17 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  26.89 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.57 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  28.33 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  27.69 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.72 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  26.17 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  24.03 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  26.82 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.22 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  29.86 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.78 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>