More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1317 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 261 aa  538  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  66.67 
 
 		 260 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  58.43 
 
 		 265 aa  325  6e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  51.13 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.21 
 
 		 259 aa  254  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.92 
 
 		 258 aa  219  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.77 
 
 		 259 aa  208  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.92 
 
 		 256 aa  201  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.95 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  39.77 
 
 		 254 aa  199  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  40.3 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.23 
 
 		 255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  40.98 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.86 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.98 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.7 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.61 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.77 
 
 		 250 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.16 
 
 		 258 aa  174  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.63 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  35.88 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.26 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.14 
 
 		 253 aa  172  5.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.09 
 
 		 252 aa  166  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 253 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  33.84 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  33.46 
 
 		 254 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 256 aa  141  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.92 
 
 		 244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  29.62 
 
 		 240 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.4 
 
 		 245 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.11 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  38.06 
 
 		 153 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  29.43 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.41 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.25 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 263 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.66 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.2 
 
 		 261 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.44 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  24 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.78 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.76 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.68 
 
 		 249 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.46 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  27.63 
 
 		 246 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  29.23 
 
 		 259 aa  99.4  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 252 aa  98.6  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 141 aa  98.6  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  27.87 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.63 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  30.49 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.38 
 
 		 251 aa  97.1  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.98 
 
 		 251 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  26.77 
 
 		 242 aa  95.9  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.01 
 
 		 268 aa  95.9  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.34 
 
 		 258 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.95 
 
 		 246 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  27 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 270 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.38 
 
 		 237 aa  93.6  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  27.84 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.26 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  27.27 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.44 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.75 
 
 		 254 aa  92.8  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.56 
 
 		 256 aa  92  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  25.57 
 
 		 248 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  27.27 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  27.27 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.36 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  27.99 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 282 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.19 
 
 		 253 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  25.19 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  26.95 
 
 		 273 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  27.03 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2262  LytTR family two component transcriptional regulator  27.94 
 
 		 269 aa  89.7  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0894174 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 240 aa  89.7  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  26.92 
 
 		 265 aa  89  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.86 
 
 		 265 aa  89  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  28 
 
 		 232 aa  88.6  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>