150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1442 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1442  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  100 
 
 
291 aa  602  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0105  transcriptional regulator domain protein  59.31 
 
 
969 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0292  hypothetical protein  35.42 
 
 
954 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0090168  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  36.87 
 
 
1204 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  36.71 
 
 
1145 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.63 
 
 
766 aa  90.1  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  29.82 
 
 
913 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  29.52 
 
 
913 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.73 
 
 
897 aa  84.3  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.77 
 
 
758 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  31.42 
 
 
900 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  31.13 
 
 
906 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  28.57 
 
 
901 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.94 
 
 
901 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.89 
 
 
901 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  28.94 
 
 
901 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  28.51 
 
 
901 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  28.51 
 
 
901 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  28.51 
 
 
901 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  28.51 
 
 
902 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.73 
 
 
910 aa  79.3  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  28.51 
 
 
904 aa  79.3  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 
906 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.33 
 
 
876 aa  79  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  27.66 
 
 
901 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.78 
 
 
930 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  29.49 
 
 
896 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.13 
 
 
914 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.16 
 
 
1021 aa  76.3  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.16 
 
 
867 aa  75.9  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  27.8 
 
 
887 aa  75.1  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  30.66 
 
 
1163 aa  75.1  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  29.53 
 
 
901 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.33 
 
 
907 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.64 
 
 
877 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  27.97 
 
 
920 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.1 
 
 
870 aa  73.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
914 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  30.08 
 
 
919 aa  73.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  26.83 
 
 
902 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  32.14 
 
 
911 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  30 
 
 
903 aa  72.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  30 
 
 
903 aa  72.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  26.29 
 
 
902 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
905 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.23 
 
 
905 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  30.94 
 
 
749 aa  72  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  27.27 
 
 
717 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  31.96 
 
 
904 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.03 
 
 
911 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
905 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.68 
 
 
860 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 
910 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  28.63 
 
 
960 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.26 
 
 
913 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.8 
 
 
884 aa  68.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
921 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  31.96 
 
 
947 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  27.48 
 
 
732 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  27.6 
 
 
1336 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  30.32 
 
 
1097 aa  67.4  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.23 
 
 
905 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  27.82 
 
 
905 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  27.44 
 
 
1110 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  29.76 
 
 
914 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  29.17 
 
 
891 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  29.47 
 
 
900 aa  65.1  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.12 
 
 
900 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
947 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.52 
 
 
924 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  30.57 
 
 
916 aa  63.9  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  24.29 
 
 
921 aa  63.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.13 
 
 
947 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  29.26 
 
 
917 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0923  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.63 
 
 
1235 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.280541  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0162  ATP-dependent transcriptional regulator-like  28.64 
 
 
756 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1222  transcriptional activator domain protein  30 
 
 
1018 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.983461  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  30.37 
 
 
899 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.96 
 
 
1111 aa  61.2  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  29.22 
 
 
1095 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.54 
 
 
1019 aa  60.8  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0910  transcriptional activator domain-containing protein  28.38 
 
 
1064 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
904 aa  59.3  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.27 
 
 
846 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.58 
 
 
930 aa  57.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2405  transcriptional activator domain protein  28.04 
 
 
1025 aa  57.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.375799  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  30.7 
 
 
924 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.12 
 
 
880 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.18 
 
 
896 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.9 
 
 
1003 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.44 
 
 
925 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  30.83 
 
 
894 aa  56.6  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.34 
 
 
955 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.34 
 
 
897 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.208535 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>