More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5352 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  589  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  52.89 
 
 		 331 aa  252  6e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  40.29 
 
 		 279 aa  192  6e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  33.97 
 
 		 284 aa  96.3  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  34.97 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 286 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 280 aa  89  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  37.12 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.65 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.65 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.65 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  34.23 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 290 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 315 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.63 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  29.53 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  38.95 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.37 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.38 
 
 		 150 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>