99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4203 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4203  response regulator receiver protein  100 
 
 		 106 aa  212  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.642099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4771  response regulator receiver protein  37.11 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0255071  normal  0.533195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.07 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2215  response regulator receiver protein  30.84 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240226 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  29 
 
 		 241 aa  58.2  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  32 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.46 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.04 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.36 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.75 
 
 		 231 aa  54.3  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.46 
 
 		 253 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 245 aa  50.4  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 230 aa  50.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 276 aa  50.4  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  30.86 
 
 		 254 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 237 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.11 
 
 		 237 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 236 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1861  methyl-accepting/DNA response regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1725  methyl-accepting/DNA response regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1899  putative methyl-accepting/DNA response regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3480  putative methyl-accepting/DNA response regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0914796 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1862  putative methyl-accepting/DNA response regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.47 
 
 		 248 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  29.47 
 
 		 261 aa  47.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  33.33 
 
 		 243 aa  47.8  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.34 
 
 		 232 aa  47.4  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 244 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  29.67 
 
 		 251 aa  47  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.35 
 
 		 256 aa  47  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1947  methyl-accepting/DNA response regulator, putative  39.34 
 
 		 214 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  33.85 
 
 		 246 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  33.85 
 
 		 246 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1703  transcriptional regulatory protein  39.34 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.03 
 
 		 254 aa  46.2  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1677  transcriptional regulatory protein  39.34 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1977  putative methyl-accepting/DNA response regulator  39.34 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.89 
 
 		 250 aa  46.2  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  28.79 
 
 		 233 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  24.53 
 
 		 260 aa  45.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 245 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  28.7 
 
 		 274 aa  45.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  35.37 
 
 		 244 aa  46.2  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.19 
 
 		 242 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 244 aa  45.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.07 
 
 		 254 aa  45.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 248 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.89 
 
 		 235 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 251 aa  44.3  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.68 
 
 		 224 aa  44.7  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  30.11 
 
 		 229 aa  44.3  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  25.29 
 
 		 249 aa  44.7  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  28.89 
 
 		 250 aa  44.3  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  36.11 
 
 		 235 aa  44.3  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2099  sensory box protein, putative  31.52 
 
 		 232 aa  44.3  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.374789  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  24.27 
 
 		 301 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.96 
 
 		 244 aa  43.9  0.0008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 243 aa  43.5  0.0009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  30.21 
 
 		 253 aa  43.5  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 243 aa  43.5  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.89 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.53 
 
 		 243 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  28.57 
 
 		 243 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.82 
 
 		 266 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0468  response regulator  28.57 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.949813  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.14 
 
 		 238 aa  43.5  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  27.06 
 
 		 259 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1459  response regulator  28.57 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2542  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 		 268 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0192  response regulator  28.57 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.486416  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 240 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 237 aa  42.4  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 260 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.47 
 
 		 299 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.74 
 
 		 235 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.14 
 
 		 232 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  21.98 
 
 		 231 aa  42.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.73 
 
 		 231 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1441  LytTR family two component transcriptional regulator  28.85 
 
 		 248 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 239 aa  42  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 238 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  25.51 
 
 		 267 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  27.06 
 
 		 238 aa  41.2  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  32.1 
 
 		 232 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.35 
 
 		 243 aa  41.2  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 248 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 317 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.42 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 246 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.91 
 
 		 251 aa  40.8  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.77 
 
 		 235 aa  40.8  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  24.24 
 
 		 229 aa  40.8  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0056  response regulator  27.37 
 
 		 235 aa  40.4  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  28.33 
 
 		 254 aa  40.4  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 247 aa  40.4  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  31.4 
 
 		 236 aa  40  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>