More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5574 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  81.44 
 
 		 315 aa  455  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  81.1 
 
 		 314 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  80.76 
 
 		 314 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  79.11 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  78.69 
 
 		 314 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  78.69 
 
 		 313 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  78.69 
 
 		 314 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  78.42 
 
 		 343 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  78.42 
 
 		 313 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  70.47 
 
 		 300 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  65.74 
 
 		 298 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  65.74 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  65.4 
 
 		 298 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  67.59 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  69.33 
 
 		 300 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  65.67 
 
 		 300 aa  375  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 298 aa  371  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 295 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  59.45 
 
 		 327 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  59.79 
 
 		 298 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  59.45 
 
 		 298 aa  355  5e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 302 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 300 aa  351  7e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 300 aa  351  7e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 300 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 299 aa  349  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 297 aa  349  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 300 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  56.57 
 
 		 298 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 298 aa  342  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  56.23 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 303 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 298 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  56.7 
 
 		 298 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 298 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 298 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 313 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 303 aa  333  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  62.24 
 
 		 303 aa  332  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 295 aa  331  9e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  62.24 
 
 		 303 aa  330  1e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 293 aa  295  9e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 295 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 293 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 300 aa  287  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  48.25 
 
 		 293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 304 aa  285  8e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 304 aa  285  9e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.76 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  45.76 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  46.1 
 
 		 304 aa  281  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  46.1 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  45.76 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  45.76 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  45.76 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  47.4 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  41.73 
 
 		 286 aa  251  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.92 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  36.81 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 362 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 367 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>