More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4899 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  100 
 
 		 419 aa  855    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  41.98 
 
 		 418 aa  279  8e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  37.28 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  38.57 
 
 		 417 aa  224  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  32.67 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  30.3 
 
 		 410 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  30.05 
 
 		 432 aa  146  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  30.05 
 
 		 432 aa  146  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  30.05 
 
 		 432 aa  146  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  30.05 
 
 		 432 aa  146  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  33.1 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  30.96 
 
 		 408 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  32.62 
 
 		 395 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  33.1 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  33.86 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  29.1 
 
 		 403 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  28.47 
 
 		 508 aa  123  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  28.47 
 
 		 508 aa  123  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  30.69 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  30.69 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  30.69 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  29.14 
 
 		 515 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  31.17 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  31.17 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  31.17 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  31.17 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  31.17 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 409 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  31.33 
 
 		 413 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  23.79 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  29.48 
 
 		 412 aa  107  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  29.91 
 
 		 641 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  27.27 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  28.37 
 
 		 414 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  25.67 
 
 		 381 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.28 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 412 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  34.3 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  31.37 
 
 		 408 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  31.33 
 
 		 305 aa  99.8  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.8  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.8  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 301 aa  98.2  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.1  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.05 
 
 		 299 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 298 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 299 aa  96.7  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.76 
 
 		 300 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  25.48 
 
 		 409 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 298 aa  94.4  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 303 aa  94  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 300 aa  94  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 299 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.42 
 
 		 299 aa  93.2  8e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.04 
 
 		 305 aa  92.4  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 298 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 298 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.35 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 298 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 298 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 298 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.4 
 
 		 299 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  32.76 
 
 		 311 aa  90.9  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.81 
 
 		 347 aa  90.9  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  29.46 
 
 		 299 aa  90.9  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 299 aa  90.1  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  28.24 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 324 aa  89  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 		 324 aa  87.8  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 294 aa  87.4  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  31 
 
 		 301 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  29.45 
 
 		 634 aa  86.7  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  29.04 
 
 		 317 aa  86.7  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 298 aa  86.7  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  30.36 
 
 		 277 aa  86.3  9e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.39 
 
 		 290 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  29.24 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.86 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  30.71 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  31.44 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  30.1 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>