More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_0163 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  44.74 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 308 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 308 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.07 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 308 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 302 aa  208  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 311 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 315 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  35.88 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 327 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.88 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 345 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 337 aa  132  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.25 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.19 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00244  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.23 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.13 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 328 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 326 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 327 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 315 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  29.97 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  27.15 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  27.89 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  29.28 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  28.81 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>