204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4948 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  49.71 
 
 		 882 aa  704    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  45.77 
 
 		 882 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  81.64 
 
 		 1079 aa  1318    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  59.15 
 
 		 877 aa  927    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  50 
 
 		 887 aa  759    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  81.98 
 
 		 969 aa  1323    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  93.73 
 
 		 877 aa  1451    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  81.98 
 
 		 877 aa  1313    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  49.25 
 
 		 868 aa  739    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  92.93 
 
 		 877 aa  1558    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  50.98 
 
 		 862 aa  769    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  70.84 
 
 		 871 aa  1150    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  45.62 
 
 		 882 aa  661    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  50.87 
 
 		 868 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  50.58 
 
 		 872 aa  765    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  59.43 
 
 		 908 aa  947    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  95.21 
 
 		 877 aa  1551    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  99.32 
 
 		 877 aa  1727    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.94 
 
 		 887 aa  709    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  71.18 
 
 		 871 aa  1169    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50 
 
 		 868 aa  786    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  100 
 
 		 877 aa  1737    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  45.27 
 
 		 895 aa  646    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  95.21 
 
 		 877 aa  1551    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  81.64 
 
 		 1083 aa  1318    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  69.35 
 
 		 870 aa  1158    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  81.64 
 
 		 877 aa  1320    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  81.87 
 
 		 877 aa  1325    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  81.98 
 
 		 877 aa  1326    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  81.64 
 
 		 877 aa  1320    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  50.58 
 
 		 862 aa  801    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  94.98 
 
 		 877 aa  1547    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  44.83 
 
 		 882 aa  633  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  44.81 
 
 		 882 aa  634  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  48.63 
 
 		 669 aa  556  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  38.9 
 
 		 864 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  35.37 
 
 		 889 aa  395  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  33.18 
 
 		 901 aa  390  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  35.29 
 
 		 900 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  35.29 
 
 		 879 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  32.69 
 
 		 890 aa  380  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  37.53 
 
 		 858 aa  379  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  33.9 
 
 		 901 aa  376  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  37.62 
 
 		 864 aa  360  8e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  31.31 
 
 		 884 aa  336  1e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  27.9 
 
 		 1128 aa  278  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  29.07 
 
 		 767 aa  260  9e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.88 
 
 		 886 aa  248  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  27.67 
 
 		 892 aa  245  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.21 
 
 		 883 aa  225  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  28.37 
 
 		 899 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  26.68 
 
 		 920 aa  213  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.1 
 
 		 883 aa  211  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  26.74 
 
 		 972 aa  211  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  25.96 
 
 		 910 aa  199  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  26.32 
 
 		 893 aa  185  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  27.41 
 
 		 906 aa  132  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.82 
 
 		 1045 aa  125  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  25.08 
 
 		 849 aa  85.1  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  35.57 
 
 		 845 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  24.85 
 
 		 847 aa  75.1  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  21.15 
 
 		 1274 aa  72.8  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  32.28 
 
 		 839 aa  70.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11555  transmembrane transport protein mmpL12  26.86 
 
 		 1146 aa  69.7  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  24.84 
 
 		 802 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  31.01 
 
 		 1359 aa  65.1  0.000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  24.96 
 
 		 783 aa  64.3  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  23.56 
 
 		 1287 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  36.36 
 
 		 782 aa  60.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2330  MMPL domain protein  32.61 
 
 		 730 aa  60.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.949575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2637  MMPL domain protein  26.94 
 
 		 1013 aa  59.7  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3125  transport protein  28.03 
 
 		 1077 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  29.46 
 
 		 789 aa  59.7  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2959  MMPL domain protein  26.98 
 
 		 1011 aa  59.3  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301766  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  25.37 
 
 		 840 aa  58.9  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3114  transport protein  26.99 
 
 		 1062 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.927661  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  25.37 
 
 		 846 aa  58.9  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3174  transport protein  26.99 
 
 		 1062 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  28.04 
 
 		 805 aa  58.5  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  24.21 
 
 		 813 aa  58.5  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  25.46 
 
 		 840 aa  57.8  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  22.22 
 
 		 780 aa  57.8  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  29.26 
 
 		 747 aa  57.4  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  30.26 
 
 		 380 aa  57.4  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1695  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.04 
 
 		 782 aa  57.4  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  27.08 
 
 		 1172 aa  57  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  23.4 
 
 		 1226 aa  56.6  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  22.76 
 
 		 840 aa  55.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  27.39 
 
 		 835 aa  55.1  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  22.37 
 
 		 898 aa  54.3  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  22.41 
 
 		 843 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  27.38 
 
 		 803 aa  53.9  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  29.48 
 
 		 855 aa  54.3  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  26.62 
 
 		 1042 aa  53.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  22.41 
 
 		 847 aa  53.5  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  29.34 
 
 		 1204 aa  53.1  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0312  MMPL domain-containing protein  28.37 
 
 		 1028 aa  53.5  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4632  MMPL domain-containing protein  27.67 
 
 		 681 aa  53.5  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.839502 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  32.12 
 
 		 843 aa  53.5  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  22.11 
 
 		 835 aa  52.8  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>