More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7387 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 203 aa  414  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  75.13 
 
 		 236 aa  301  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  73.06 
 
 		 242 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  73.82 
 
 		 254 aa  295  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  76.84 
 
 		 239 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  71.35 
 
 		 250 aa  271  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  72.88 
 
 		 239 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  67.72 
 
 		 209 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  63.64 
 
 		 251 aa  254  9e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  67.04 
 
 		 247 aa  248  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  61.83 
 
 		 241 aa  246  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  67.23 
 
 		 242 aa  244  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  61.38 
 
 		 238 aa  239  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  63.28 
 
 		 246 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  62.64 
 
 		 278 aa  236  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  63.79 
 
 		 275 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  63.89 
 
 		 249 aa  232  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  62.15 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 		 275 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  63.89 
 
 		 246 aa  232  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  61.93 
 
 		 248 aa  231  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  62.15 
 
 		 260 aa  229  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  62.78 
 
 		 249 aa  229  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  64.13 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 243 aa  221  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  57.3 
 
 		 254 aa  220  9e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  58.05 
 
 		 257 aa  216  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  58.24 
 
 		 263 aa  211  9e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  54.49 
 
 		 265 aa  209  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  56.82 
 
 		 258 aa  202  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  52.91 
 
 		 196 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  54.36 
 
 		 255 aa  202  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52.91 
 
 		 273 aa  199  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  54.12 
 
 		 223 aa  197  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  53.53 
 
 		 254 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  58.82 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  53.22 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  47.57 
 
 		 272 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  47.87 
 
 		 246 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  43.86 
 
 		 230 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 224 aa  154  7e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  43.27 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  45.35 
 
 		 230 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  40.22 
 
 		 272 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  41.38 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  35.03 
 
 		 228 aa  132  3e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.89 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.83 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 223 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  38.15 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 244 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  39.66 
 
 		 225 aa  122  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  45.18 
 
 		 253 aa  122  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  41.95 
 
 		 225 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  41.48 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 253 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.93 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.8 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  33.14 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0793  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 128 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.542741 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  34.46 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  38.69 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  55.29 
 
 		 138 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  33.68 
 
 		 224 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  30.17 
 
 		 232 aa  106  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 221 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  33.71 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  35.79 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  35.79 
 
 		 244 aa  101  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 222 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  33.93 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  33.93 
 
 		 224 aa  99.8  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  35.88 
 
 		 234 aa  98.6  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 214 aa  98.2  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  98.2  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 221 aa  97.1  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 227 aa  96.3  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.52 
 
 		 224 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>