More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7193 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
348 aa  699    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  79.6 
 
 
348 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  78.16 
 
 
347 aa  558  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  43.96 
 
 
349 aa  282  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  34.42 
 
 
346 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  34.12 
 
 
346 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.79 
 
 
383 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  33.01 
 
 
347 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
347 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 
355 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  31.17 
 
 
355 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  32.63 
 
 
335 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
354 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  31.04 
 
 
342 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 
347 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  32.52 
 
 
358 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  31.48 
 
 
362 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.52 
 
 
348 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
338 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  32.83 
 
 
348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 
355 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 
345 aa  135  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  32.86 
 
 
348 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 
347 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 
348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
407 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 
350 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  30.4 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
348 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
350 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
348 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  32.52 
 
 
344 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  29.81 
 
 
350 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  28.12 
 
 
344 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
355 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  26.61 
 
 
345 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.08 
 
 
378 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.17 
 
 
354 aa  102  8e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.79 
 
 
347 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  28.41 
 
 
346 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
347 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  29.28 
 
 
348 aa  99.4  8e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.75 
 
 
354 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 
346 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.8 
 
 
344 aa  95.9  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 
353 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
340 aa  93.6  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 
347 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
355 aa  90.1  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
345 aa  89  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  27.85 
 
 
340 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
343 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 
342 aa  85.9  8e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4661  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.42 
 
 
362 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal  0.137959 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
365 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
343 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  28.93 
 
 
364 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.62 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  26.27 
 
 
362 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.57 
 
 
364 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0348  thiamine ABC transporter periplasmic binding protein  26.27 
 
 
362 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0499853  normal  0.792791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4968  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  26.27 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.537601  normal  0.0916324 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3067  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.27 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.127261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5300  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.27 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.218142  normal  0.0163118 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
340 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3423  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  26.27 
 
 
363 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.074131  normal  0.0682779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 
343 aa  80.1  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2054  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.341416  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
343 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1758  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0220155  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0855  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.08 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107268  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2212  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.497312  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0896  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1900  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0584  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0487  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  25.08 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
358 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.33 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
365 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
365 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.74 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 
359 aa  74.3  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.23 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
341 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4789  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  26.61 
 
 
362 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333603  hitchhiker  0.0000239278 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 
362 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.6 
 
 
341 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  25.26 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  30.74 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 
341 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
343 aa  72.4  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>