192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3440 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
336 aa  639    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.74 
 
 
332 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
337 aa  222  7e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.78 
 
 
334 aa  211  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.28 
 
 
329 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.87 
 
 
325 aa  199  5e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  44.26 
 
 
327 aa  197  3e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.99 
 
 
334 aa  193  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.79 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.6 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.69 
 
 
327 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  39.76 
 
 
332 aa  169  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.01 
 
 
336 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
318 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.19 
 
 
324 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
317 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
319 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
322 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 
319 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  36.36 
 
 
317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.36 
 
 
317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
318 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.7 
 
 
327 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.36 
 
 
317 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.33 
 
 
335 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.5 
 
 
320 aa  134  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.21 
 
 
327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.54 
 
 
325 aa  130  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.26 
 
 
313 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.97 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 
335 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.75 
 
 
318 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.32 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.8 
 
 
320 aa  126  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.9 
 
 
324 aa  126  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
333 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.81 
 
 
320 aa  124  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.45 
 
 
332 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.05 
 
 
324 aa  122  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.2 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 
316 aa  120  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 
317 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.52 
 
 
322 aa  113  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.4 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.04 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.35 
 
 
320 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.1 
 
 
339 aa  104  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.45 
 
 
322 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.35 
 
 
313 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
332 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.76 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35 
 
 
337 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.47 
 
 
339 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.55 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.47 
 
 
333 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.56 
 
 
319 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.43 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  30.65 
 
 
238 aa  76.6  0.0000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.25 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.7 
 
 
321 aa  72.4  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  34.4 
 
 
333 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 
318 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.13 
 
 
316 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.36 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.43 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.5 
 
 
326 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.16 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  32.39 
 
 
323 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  43.59 
 
 
323 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  27.67 
 
 
322 aa  63.2  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  21.27 
 
 
231 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.15 
 
 
265 aa  61.2  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.14 
 
 
324 aa  60.8  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.99 
 
 
324 aa  60.1  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.75 
 
 
230 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.81 
 
 
327 aa  60.1  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.04 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  23.5 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 
327 aa  59.7  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.33 
 
 
230 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.33 
 
 
230 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.29 
 
 
324 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  23.14 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29 
 
 
239 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.58 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.05 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  20.59 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
314 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  20 
 
 
317 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  20.54 
 
 
348 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.58 
 
 
332 aa  56.6  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.01 
 
 
328 aa  56.6  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.65 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  26.32 
 
 
237 aa  55.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  32.51 
 
 
326 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.12 
 
 
317 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  21.66 
 
 
317 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.24 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>