More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_21960 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  100 
 
 
267 aa  543  1e-154  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  30.88 
 
 
519 aa  105  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  37.37 
 
 
569 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  34.95 
 
 
327 aa  95.9  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  35.42 
 
 
386 aa  95.5  8e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.79 
 
 
226 aa  94  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  35.53 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.02271e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  33.16 
 
 
358 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.99 
 
 
371 aa  93.6  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  36.77 
 
 
303 aa  92  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  36.42 
 
 
303 aa  92  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  4.50745e-06 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  31.02 
 
 
486 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  36.6 
 
 
223 aa  91.3  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  34.13 
 
 
511 aa  91.7  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  34.78 
 
 
289 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  38.73 
 
 
342 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  34.78 
 
 
289 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  34.78 
 
 
289 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  38.41 
 
 
236 aa  90.9  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  38.03 
 
 
342 aa  90.1  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  31.19 
 
 
356 aa  90.1  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  34.24 
 
 
284 aa  89  8e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  36.49 
 
 
235 aa  89  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  36.49 
 
 
235 aa  89  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.09 
 
 
487 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.09 
 
 
487 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.41 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  31.69 
 
 
225 aa  86.7  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.68 
 
 
286 aa  85.9  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.98 
 
 
389 aa  85.5  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.71 
 
 
231 aa  85.1  1e-15  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.89 
 
 
315 aa  84  2e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  30.95 
 
 
570 aa  84.3  2e-15  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  29.82 
 
 
261 aa  84.3  2e-15  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.41 
 
 
396 aa  84.3  2e-15  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  31.66 
 
 
356 aa  83.6  3e-15  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.23 
 
 
230 aa  83.6  3e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  34.22 
 
 
336 aa  83.6  3e-15  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  36.06 
 
 
239 aa  83.2  4e-15  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  29.63 
 
 
541 aa  82.8  6e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  36.46 
 
 
281 aa  82  8e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.44 
 
 
227 aa  81.6  1e-14  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.77 
 
 
554 aa  81.6  1e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  35.87 
 
 
360 aa  81.6  1e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  36.56 
 
 
489 aa  81.6  1e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  35.87 
 
 
360 aa  81.6  1e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.22 
 
 
287 aa  81.6  1e-14  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.43 
 
 
365 aa  80.9  2e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  36.17 
 
 
293 aa  80.9  2e-14  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  34.07 
 
 
360 aa  81.3  2e-14  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  34.46 
 
 
224 aa  81.3  2e-14  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  37.04 
 
 
190 aa  80.5  2e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  32.05 
 
 
523 aa  80.9  2e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  28.84 
 
 
273 aa  80.1  3e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  35.06 
 
 
253 aa  80.5  3e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  30.98 
 
 
286 aa  80.1  3e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  32.98 
 
 
283 aa  80.1  3e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  36.88 
 
 
302 aa  80.5  3e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  33.51 
 
 
362 aa  79.7  4e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  36.81 
 
 
247 aa  79.7  4e-14  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  32.8 
 
 
268 aa  79.7  4e-14  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  29.19 
 
 
205 aa  79.7  5e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  34.52 
 
 
228 aa  79  8e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  32.51 
 
 
348 aa  78.6  9e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.53 
 
 
232 aa  78.6  9e-14  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  30.81 
 
 
279 aa  79  9e-14  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  33.9 
 
 
260 aa  78.6  1e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  31.53 
 
 
444 aa  78.2  1e-13  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  32.1 
 
 
342 aa  78.2  1e-13  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  36.67 
 
 
292 aa  77.8  2e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79401e-13 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  30.57 
 
 
291 aa  77.8  2e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  34.55 
 
 
247 aa  77.8  2e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  34.97 
 
 
224 aa  77  3e-13  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  35.71 
 
 
248 aa  77  3e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  34.5 
 
 
221 aa  77  3e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  31.07 
 
 
237 aa  77  3e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.89 
 
 
283 aa  77  3e-13  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  30.77 
 
 
292 aa  76.6  4e-13  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  35.11 
 
 
282 aa  76.6  4e-13  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  36.17 
 
 
515 aa  76.6  4e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  36.23 
 
 
220 aa  76.3  5e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  30.57 
 
 
278 aa  76.3  5e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  29.72 
 
 
231 aa  75.9  6e-13  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  38.84 
 
 
209 aa  75.9  7e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  39.47 
 
 
227 aa  75.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  32.02 
 
 
218 aa  75.5  8e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  32.55 
 
 
223 aa  75.5  8e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  31.13 
 
 
246 aa  75.5  8e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  30.85 
 
 
376 aa  75.5  9e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.39 
 
 
246 aa  75.5  9e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  29.06 
 
 
243 aa  74.7  1e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  32.95 
 
 
513 aa  75.1  1e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  38.89 
 
 
201 aa  74.7  1e-12  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  34.78 
 
 
263 aa  74.7  1e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  29.9 
 
 
232 aa  75.1  1e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  32.11 
 
 
172 aa  74.7  1e-12  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  31.98 
 
 
285 aa  74.7  1e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  34.84 
 
 
298 aa  74.7  2e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  29.17 
 
 
286 aa  74.7  2e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.21 
 
 
241 aa  73.9  2e-12  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>