90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0218 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 445 aa  912    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  76.24 
 
 		 440 aa  703    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  90.79 
 
 		 445 aa  815    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  83.69 
 
 		 441 aa  766    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  52.81 
 
 		 443 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  50.11 
 
 		 447 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  48.86 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  50.24 
 
 		 455 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  51.04 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  50.81 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  53.06 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  46.7 
 
 		 444 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  47.87 
 
 		 443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  50.72 
 
 		 441 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  47.6 
 
 		 444 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  47.97 
 
 		 441 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  47.07 
 
 		 446 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  47.1 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.67 
 
 		 466 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.96 
 
 		 444 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  44.04 
 
 		 444 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  44.52 
 
 		 446 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  46.86 
 
 		 442 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  47.34 
 
 		 457 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  44.28 
 
 		 449 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  48.17 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  46.7 
 
 		 454 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  46.51 
 
 		 457 aa  388  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  45.37 
 
 		 441 aa  386  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  44.39 
 
 		 437 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  45.14 
 
 		 446 aa  385  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  45.14 
 
 		 441 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  44.95 
 
 		 440 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  46.15 
 
 		 438 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 426 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.17 
 
 		 440 aa  354  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  45.28 
 
 		 442 aa  351  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.28 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.8 
 
 		 429 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.8 
 
 		 429 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  43.7 
 
 		 450 aa  338  9e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  41.38 
 
 		 427 aa  335  1e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  43.87 
 
 		 426 aa  334  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.16 
 
 		 438 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.16 
 
 		 418 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32 
 
 		 444 aa  190  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 394 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.98 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.8 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 		 391 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 		 389 aa  73.6  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.17 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.2 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.37 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.57 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.51 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.44 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.24 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  23.98 
 
 		 402 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  20.49 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 410 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 411 aa  54.3  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.91 
 
 		 415 aa  53.5  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.29 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  21.83 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 		 384 aa  51.6  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.36 
 
 		 404 aa  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.79 
 
 		 409 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 		 411 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 		 411 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  23.42 
 
 		 414 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.37 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 397 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.86 
 
 		 407 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.93 
 
 		 419 aa  47.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  21.64 
 
 		 409 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 		 402 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  21.61 
 
 		 410 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 406 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  21.24 
 
 		 407 aa  43.9  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  22.14 
 
 		 405 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 		 395 aa  43.1  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>