More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1568 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  100 
 
 		 297 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  94.95 
 
 		 297 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  94.61 
 
 		 297 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  94.95 
 
 		 301 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  89.56 
 
 		 297 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  74.75 
 
 		 297 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  69.02 
 
 		 297 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  65.99 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  67.34 
 
 		 297 aa  407  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  66.33 
 
 		 297 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  66.33 
 
 		 297 aa  407  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65.32 
 
 		 297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  74.07 
 
 		 297 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  70.37 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 295 aa  299  3e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  45.7 
 
 		 292 aa  219  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.57 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  45.21 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 290 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  42.23 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 291 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.02 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.66 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.1 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0031  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.65 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  33.99 
 
 		 292 aa  148  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.1 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.56 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  27.21 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.87 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  31.29 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.33 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  33.33 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  30.64 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.3 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.3 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 309 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.17 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.3 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.91 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.67 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.17 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  30.64 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>