More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0038 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  830  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  82.91 
 
 
415 aa  702  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  75.51 
 
 
395 aa  637  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  88.18 
 
 
406 aa  716  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  92.61 
 
 
406 aa  753  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  70.08 
 
 
405 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  60.86 
 
 
404 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  61.68 
 
 
407 aa  506  1e-142  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  60.1 
 
 
410 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  59.49 
 
 
409 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  57.79 
 
 
410 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
409 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  61.52 
 
 
410 aa  492  1e-138  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  59.42 
 
 
409 aa  493  1e-138  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 
410 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 
411 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  54.23 
 
 
418 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  58.25 
 
 
411 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  57.59 
 
 
410 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  58.07 
 
 
411 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  58.12 
 
 
411 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 
435 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  55.19 
 
 
409 aa  466  1e-130  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  55.7 
 
 
405 aa  459  1e-128  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  55.68 
 
 
411 aa  459  1e-128  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  53.83 
 
 
410 aa  450  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 
401 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  52.55 
 
 
407 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  54.05 
 
 
403 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  52.96 
 
 
437 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
406 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  52.2 
 
 
407 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.65 
 
 
406 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  51.85 
 
 
406 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  48.24 
 
 
407 aa  408  1e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  49.49 
 
 
400 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  47.16 
 
 
402 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.34 
 
 
406 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  45.18 
 
 
406 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  47.57 
 
 
406 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.52 
 
 
409 aa  352  8e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  45.61 
 
 
399 aa  348  9e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  44.53 
 
 
402 aa  338  1e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  42.67 
 
 
412 aa  311  1e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  36.26 
 
 
438 aa  189  8e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  35.62 
 
 
414 aa  187  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
441 aa  174  2e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30 
 
 
434 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
415 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  5.45529e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
436 aa  141  2e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.32 
 
 
480 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.82 
 
 
425 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
472 aa  114  2e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
408 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
386 aa  113  5e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  2.67349e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
392 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
398 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
401 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 
423 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
407 aa  104  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
382 aa  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
378 aa  99.8  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.46 
 
 
496 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
388 aa  99.4  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
403 aa  97.8  3e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
380 aa  96.7  7e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
386 aa  95.1  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.72 
 
 
539 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.31 
 
 
519 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  26.7 
 
 
497 aa  94  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
387 aa  94  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.19 
 
 
379 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
375 aa  93.2  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
376 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  2.81139e-06  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
388 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
377 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
425 aa  89  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
370 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
385 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
385 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
389 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
373 aa  86.7  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
368 aa  86.7  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
367 aa  85.1  2e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.01 
 
 
393 aa  84.7  2e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
394 aa  84.7  3e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
386 aa  84.3  3e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
363 aa  83.6  6e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
592 aa  83.2  7e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.52 
 
 
512 aa  83.2  8e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  25 
 
 
385 aa  82  2e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.46 
 
 
517 aa  81.3  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
389 aa  81.6  3e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
370 aa  80.9  4e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  23.55 
 
 
466 aa  80.9  4e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
370 aa  80.9  4e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>